Lokalita hostí celou řadu živočišných druhů. Odonatologický průzkum v roce 2000 odhalil celkem 20 druhů vážek, což je 28% z celkového počtu doposud 71 známých druhů, vyskytujících se na území České republiky. Neznamená to však, že se zde všechny tyto nalezené druhy trvale rozmnožují. Problém spočívá v nestabilní hladině povrchové a snad i spodní vody, která významně ovlivňuje vývoj nymfálních stádií vážek. Zcela jistě část nalezených druhů pochází z blízkých lokalit jako jsou Medkovy a Záhlinické rybníky, odkud se dospělá imaga rozletují v době pohlavního zrání a později tak kolonizují okolní vodní plochy.
Pozorované druhy
vážek:
motýlice obecná (
Calopteryx virgo), motýlice lesklá (
Calopteryx splendens), šídlatka brvnatá (
Lestes barbarus), šídlatka velká (
Chalcolestes viridis), šidélko brvonohé (
Platycnemis pennipes), šidélko větší (
Ischnura elegans), šidélko páskované (
Coenagrion puella), šidélko rudoočko (
Erythromma najas), šidélko znamenané (
Erythromma viridulum), šídlo modré (
Aeshna cyanea), šídlo velké (
Aeshna grandis), šídlo pestré (
Aeshna mixta), šídlo královské (
Anax imperator), lesklice měděná (
Cordulia aenea), lesklice zelenavá (
Somatochlora metallica), vážka ploská (
Libellula depressa), vážka černořitná (
Orthetrum cancellatum), vážka červená (
Crocothemis erythraea), vážka rudá (
Sympetrum sanguineum) a vážka obecná (
Sympetrum vulgatum).
Z ostatních druhů hmyzu uveďme hojný výskyt vodních
ploštic bodule obecné (
Ilyocoris cimicoides), znakoplavky (
Notonecta) a vodoměrky (
Hydrometra sp.). Žije zde dnes už vzácná jehlanka válcovitá (
Ranatra linearis).
Lokalitu obývá rovněž řada druhů
motýlů: babočká admirál (
Vanessa atalanta), babočka kopřivová (
Aglais urticae), babočka paví oko (
Inachis io), babočka síťkovaná (
Araschnia levana), babočka bílé C (
Polygonia c-album), bělásek řeřichový (
Anthocharis cardamines), žluťásek řešetlákový (
Gonepteryx rhamni), okáč ječmínkový (
Lasiommata maera), a lišaj topolový (
Laothoe populi).
Systematický ornitologický průzkum, prováděný každoročně od roku 1983, prokázal dosud na území rezervace výskyt 82 druhů
ptáků. Z toho 38 druhů hnízdících (nebo bylo jejich hnízdění na území přírodní památky velmi pravděpodobné), 34 druhů zaletujících na lokalitu z blízkého okolí, 7 druhů protahujících, 2 přezimující a 1 domestikovaný. Ze vzácnějších druhů jsou to například čáp bílý (
Ciconia ciconia), husa polní (
Anser fabalis) - zjištěna pouze jednou na průtahu v počtu 4 ex, orel mořský (
Haliaeetus albicilla), krahujec obecný (
Accipiter nisus), jestřáb lesní (
Accipiter gentilis), moták pochop (
Circus aeruginosus), moták pilich (
Circus cyaneus) - na průtahu, ostříž lesní (
Falco subbuteo) - na průtahu, křepelka polní (
Coturnix coturnix), rorýs obecný (
Apus apus) - na průtahu, ledňáček říční (
Alcedo atthis), lejsek šedý (
Muscicapa striata), ťuhýk obecný (
Lanius collurio), ťuhýk šedý (
Lanius excubitor), žluva hajní (
Oriolus oriolus), kavka obecná (
Corvus monedula), krkavec obecný (
Corvus corax) a další.
Z
plazů zde dosud byla pozorována pouze ještěrka obecná (
Lacerta agilis). Zato je přírodní památka Stonáč poměrně bohatá na
obojživelníky. Bylo zde zjištěno celkem 8 druhů. Jejich populace však až na výjimky nejsou nijak stabilní.
Čolek velký (
Triturus cristatus), čolek obecný (
Lissotriton vulgaris), kuňka obecná (
Bombina bombina), ropucha obecná (
Bufo bufo), rosnička zelená (
Hyla arborea), skokan hnědý (
Rana temporaria), skokan štíhlý (
Rana dalmatina) a skokan zelený (
Pelophylax esculentus).
Ohrožení obojživelníků rybami je velmi aktuální, ryby se zde objevily ve větší míře v povodňovém roce 1997. Zásadní nebezpečí však spočívá ve vysychání tůní, způsobeném malým přísunem vody z potoka Stonáče a poklesem spodní vody. Larvální stádia obojživelníků jsou nedostatkem vody koncentrována spolu s rybami do menšího prostoru a jsou tak více zranitelná
Celkem zde bylo zjištěno 9 druhů
ryb: štika obecná (
Esox lucius), plotice obecná (
Rutilus rutilus), perlín ostrobřichý (
Scardinius erythrophthalmus), amur bílý (
Ctenopharyngodon idella), lín obecný (
Tinca tinca), kapr obecný (
Cyprinus carpio), sumec velký (
Silurus glanis), sumeček americký (
Ameiurus nebulosus) a okoun říční (
Perca fluviatilis).
Ze
savců zde žijí ježek východní (
Erinaceus concolor), krtek obecný (
Talpa europaea), netopýr vodní (
Myotis daubentonii), veverka obecná (
Sciurus vulgaris), křeček polní (
Cricetus cricetus), ondatra pižmová (
Ondatra zibethicus), hryzec vodní (
Arvicola terrestris), hraboš polní (
Microtus arvalis), zajíc polní (
Lepus europaeus), lasice hranostaj (
Mustela erminea), liška obecná (
Vulpes vulpes), prase divoké (
Sus scrofa), srnec obecný (
Capreolus capreolus) a pozorován byl i daněk evropský (
Dama dama).