Šoupálek dlouhoprstý je drobný a štíhlý pták s obloukovitě zahnutým zobákem, o málo kratším než hlava. Vršek těla je tabákově hnědý, bělavě podélně skvrnitý. Spodina je celá bílá s určitým leskem. Na hlavě je výrazný bílý nadoční proužek, čelo a temeno je silně skvrnité (ve zbarvení jsou značné individuální i místní rozdíly, od šedé po červenohnědou). Dráp zadniho prstu je dlouhý (více než 8 mm), obvykle delší než zadní prst. Rýdovací pera delšího ocasu jsou zašpičatělá, kostřec je tmavě okrově rezavý. Ve zbarvení obou pohlaví nejsou žádné rozdíly. Mladí ptáci mají spodek těla zažloutlý, jasně hnědě skvrnitý. Šoupálek dlouhoprstý je velmi podobný Šoupálku krátkoprstému (
Certhia brachydactyla), jemné rozdíly se najdou v kresbě na křídlech, ale je zapotřebí fotografie nebo pozorování úplně zblízka. Nejlepším vodítkem je hlas. Zpěv šoupálka dlouhoprstého je hlasitější a delší než u šoupálka krátkoprstého a končí trylkem podobným trylku sýkory modřinky (
Parus caeruleus).