Linnéovský systém je opravdu hodně zjednodušený, ale zpřesnění mnoha (opravdu mnoha) vedlejšími jednotkami (nemám na mysli předpony nad- a pod-, ale infra- už ano) vnáší do věci silný nepořádek. Linné totiž byl kreacionista, a tak si s nějakou fylogenezí nemusel dělat žádné starosti. Kdyby tu byl nějaký vývojový stromek (čili kladogram), který je zatím k vidění snad jen u archosaurů (i když tenhle se mi moc nelíbí, mám raději vodorovný a ne šikmý), taxonomie by se mohla hodně zjednodušit, takže by možná byli žraloci místo legie "jen" nadřád a živorodí jen podtřída. Také by mohla být obnovena se vší slávou parafyletická třída plazi, v trochu jiném pojetí, kdy to bude třída Diapsida, ze které budou vyjmuti ptáci a želvy tam možná budou také.

Protože parafyla ani polyfyla nejsou nic strašného, je ovšem strašné je popisovat v nesprávných pohledech. Popisovat přizpůsobení se vodě polyfyletických vodních savců není špatné, když se do toho neplete jejich mozek, který s přizpůsobením se vodě nesouvisí. Stejně tak je hrozné popisovat vylučovací soustavu bezobratlých, protože s tím vůbec nesouvisí.

Taxonomie už na dnešní biologii sama nestačí, když ji bude doprovázet kladogram, bude to hned lepší. A ať už se budeme snažit jakkoli udělat taxonomii přesně podle fylogeneze, stejně nenaznačíme, že se ptáci vyvinuli z Archaeopteryxe (tak to sice není, ale pro příklad postačí). Kladogram umožňuje vést větev i z druhu, protože je mu lhostejné, jestli jde o druh nebo o třídu, protože třídu i druh vymyslel Linné, ne příroda. Ale tohle taxonomie nedovoluje, aby se pod druhem Archaeopteryx lithographica najednou mrška objevila celá třída ptáci. Pak by oproti tomu, že se v části skrývá legie, a v té zase část, bylo maličkost.

A nakonec, sehnat kladogramy nebude takový problém, jako je sem dostat, protože na to žádný samo HTML nestačí, a žádné XML udělátko neznám. A obrázky jsou dost špatné řešení.

Jiří Berkovec [ 28.08.2007 23:49:08 ]: Vymýšlet nový systém je jedna věc a používat zestručněný systém druhá, byť také ne ideální. Ale pomocí linneovského systému prostě přířodu jinak než zjednodušeně popsat nelze. Mně by přišlo ideální mít nějaký jednodušší systém pro rychlou navigaci (ale určitě nemyslím jen říše/kmen/třída/řád/čeleď), a systém doplněný nějakými kladogramy zobrazujími přesněji vzájemné vývojové vztahy jednotlivých skupin. Třeba i zobrazit více různých kladogramů postihujících více taxonomických názorů nebo historický vývoj názorů. Otázka je kde takové kladogramy vzít. U savců bych to teď třeba nechal jak to je - leda zkusit vymyslet něco s těma kategoriema, buď založit nějaké nové mezikategorie, nebo umožnit zakládat taxony bez přiřazené kategorie (ale to nebude úplně jednoduché). Nebo třeba umožnit taxonomickou kategorii skrývat??

Václav Horký [ 28.08.2007 22:18:21 ]: Biolib by měl pro vyšší systamatiku mechanicky přebírat publikované nejnovější díla a ne vytvářet nové, byť zdůvodněné systémy. Nejnovější publikovaný ucelený systém savců je v Wilson, D. E., and D. M. Reeder (eds). 2005. Mammal Species of the World. Johns Hopkins University Press, 2,142 pp. Nějaké vyšší taxony ze systému 2005 jsem do Biolibu zanesl já a k nim připoutal stávající neaktualizované podřízené taxony, čím jsem asi způsobil v systému chaos. Problém při aktualizaci systému dělají právě ty jemné struktury s legiemi, kohortami, částmi a podčástmi - ale co s nimi, jde je odstranit? Mají se odstranit?

Souhlasím. Vážky se dělí na dvě větve, motýlice a skupinu zahrnující šídlice a šídla. Pak je otázka, jak to zpracovat, jestli udělat tři rovnocené skupiny motýlice, šídlice a šídla; nebo motýlice a skupinu s dlouhým odporným latinským názvem zahrnující šídlice a šídla. Jsem pro první možnost.

Václav Horký [ 28.08.2007 11:19:18 ]: Je otázka jestli by se to nemělo spíš zjednodušit... tahle snaha kopírovat fylogenetické vztahy pomocí linneovského systému mi přijde občas poněkud kontraproduktivní.

V podtřídě Theriiformes je několik infratříd, z nich jedna s názvem Holotheria. Přímo pod ni spadá část, pod onu část legie a pod legii zase část, s názvem živorodí. Živorodí se větví na čtyři skupiny, na dvě infratřídy a dva řády.

Část je vyšší taxon, než legie a tudíž jedna část může obsahovat více legií, ne však jedna legie více částí jako zde, živorodí by snad mohly být kohorta (čert aby se v tom vyznal). Ony infratřídy jsou vačnatí a placentálové, a zatím jsem je viděl jen nako nadřády nebo podtřídy. Podtřídy nepřicházejí v úvahu, protože jsou mnohem výše. Infratřída taktéž. V úvahu tedy přichází nadřád, a jiné "více" vedlejší taxony by jenom celou věc zesložiťovaly. A ony dva řády patří do skupiny všesavců, která je na stejné úrovni jako vačnatci a placentálové.

Ovšem ani nadřád nebude nejlepší řešení, protože placentálové se větví na čtyři hlavní skupiny Afrotheria, chudozubé, Laurasiatheria a Euarchontoglires, které jsou právě nadřády. Kohortu si bohužel zabraly živorodí a jinak nic nezbývá.