Botanicky patří oblast Velkého Kosíře k nejvýznamnějším územím střední Moravy díky velké geomorfologické a geologické diverzitě substrátů. Lom je porostlý keři lísky obecné (
Corylus avellana), brslenu evropského (
Euonymus europaea), slivoně trnité (
Prunus spinosa), svídy krvavé (
Cornus sanguinea), ptačího zobu obecného (
Ligustrum vulgare) a různých druhů růží (
Rosa sp.). Mezi nimi se objevují jednotlivé stromy dubu letního (
Quercus robur) a jasanu ztepilého (
Fraxinus excelsior) a také mnoho starých ovocných dřevin.
Na travnatých svazích nalezneme vegetaci teplomilných trávníků svazu Bromion erecti v nichž rostou vousatka prstnatá (
Bothriochloa ischaemum), trojštět žlutavý (
Trisetum flavescens), pýr prostřední (
Elytrigia intermedia), ostřice nízká (
Carex humilis) a ostřice časná (
Carex praecox), dále zde roste např. mařinka psí (
Asperula cynanchica), mateřídouška panonská (
Thymus pannonicus), mochna písečná (
Potentilla arenaria), prorostlík srpovitý (
Bupleurum falcatum), kozinec sladkolistý (
Astragalus glycyphyllos), šalvěj luční (
Salvia pratensis), hvězdnice chlumní (
Aster amellus), řepík lékařský (
Agrimonia eupatoria), záraza vyšší (
Orobanche elatior), pampeliška červenoplodá (
Taraxacum sect. Erythrosperma), lněnka Dollinerova (
Thesium dollineri), divizna jižní rakouská (
Verbascum chaixii subsp. austriacum), bukvice lékařská (
Betonica officinalis), smldník alsaský (
Peucedanum alsaticum), černohlávek velkokvětý (
Prunella grandiflora), rozrazil rozprostřený (
Veronica prostrata) a další.