Taxonomický systém v BioLibu je pro větší přehlednost řešen jako klasický linneovský systém (viz Vědecká jména a taxonomie ve zkratce), ačkoliv ten se pro přesný popis vývojových vztahů úplně nehodí. Určité zjednodušení je však pro podobnou databázi nutné.

Taxonomický systém v BioLibu lze procházet několika způsoby - pomocí rozcestníků, nebo pomocí profilů taxonů. Zatímco funkce Rozcestníky systém do značné míry zjednodušuje a umožňuje uživatelům rychle se pohybovat po významných a v BioLibu lépe zpracovaných vyšších taxonomických skupinách organismů, funkce Profil taxonu zobrazuje přesný taxonomický systém použitý v BioLibu až do úrovně druhů a níže.

Na taxonomický systém se dále odkazuje řada dalších funkcí BioLibu, od názvů kategorií v galerii, determinací obrázků, přes check-listová data po odkazy v textech a podobně.