Taxonomie se zabývá klasifikací organismů ve snaze je "zaškatulkovat" do hierarchického systému podle vzájemné příbuznosti. Jednotlivé taxony jsou vlastně skupiny, které sdružují organismy s nějakými společnými znaky. Taxonomický systém se neustále vyvíjí a mění s tím, jak se prohlubuje znalost různých organismů a jak se zkoumá příbuznost druhů na molekulární úrovni.

Základní taxonomické kategorie (úrovně škatulkování) jsou

taxonomická kategorie	příklad ze zoologie	příklad z botaniky
říše	živočichové Animalia Linnaeus, 1758	rostliny Plantae Haeckel
kmen resp. oddělení	strunatci Chordata Bateson, 1885	rostliny krytosemenné Magnoliophyta Cronquist, Takht. & W.Zimm.
třída	obojživelníci Amphibia Linnaeus, 1758	rostliny jednoděložné Liliopsida Batsch
řád	žáby Anura Fischer von Waldheim, 1813	chřestotvaré Asparagales Bromhead
čeleď	ropuchovití Bufonidae Gray, 1825	vstavačovité Orchidaceae Juss.
rod	ropucha Bufo Laurenti, 1768	vstavač Orchis L.
druh	ropucha obecná Bufo bufo (Linnaeus, 1758)	vstavač mužský Orchis mascula (L.) L.

Mimo to se používá spousta různých daších taxonomických kategorií jako třeba podkmen, nadtřída, nadčeleď, tribus, podrod, poddruh atp., opět za účelem označení skupiny taxonů, které jsou si vzájemně příbuzné.

Aby se vědci mezi sebou snáze domluvili, používají pro jednotlivé taxony vědecká jména. Tato jména se skládají z latinského jména a tzv. autority - zkrácené citace autorů popisu taxonu. Vědecké jméno pro ropuchu obecnou je Bufo bufo (Linnaeus, 1758), pro vstavač mužský Orchis mascula (L.) L. Zápis autorit má svá vlastní pravidla, více se o nich pojednává v nápovědě Co znamenají jména vědců za latinskými názvy?

Zjednodušeně popis nových taxonů funguje tak, že vědec či tým vědců publikují článek v nějakém uznávaném a recenzovaném vědeckém časopise, ve kterém podle poměrně přísných pravidel zoologické či botanické nomenklatury vytvoří nové jméno, sepíšou charakteristiku nového druhu, odůvodní a vysvětlí čím se liší od ostatních doposud popsaných příbuzných druhů, stanoví tzv. typový exemplář (tj. sbírkový kus, který si mohou ostatní vědci v muzeu prohlídnout a se kterým mohou druhy srovnávat). Popisovat lze samozřejmě nejen nové druhy, ale i nové rody či jiné taxonomické kategorie, a vytvořit tak nové "škatulky", které podle autorů sdružují příbuzné organismy lépe, než tomu bylo doposud.

Druhy jsou základní jednotka pro rozlišování různých organismů. Např. druh blanokřídlého hmyzu jménem drvodělka fialová má vědecké jméno Xylocopa violacea (Linnaeus, 1758). Xylocopa je tzv. rodové jméno, protože se druh momentálně řadí spolu s řadou dalších druhů do rodu Xylocopa, kdežto violacea je druhové jméno, které ji identifikuje v rámci tohoto rodu.

Rodové jméno druhu se může měnit s tím, jak se mění jeho zařazení v systému, druhové jméno by mělo až na výjimky zůstat stejné, pod kterým ho původní autor popsal (lze ale upravit koncovku, například violacea, violaceus, violaceum pro ženský, mužský a střední tvar jména). Carl von Linné (sám se zapisoval jako Linnaeus) druh původně popsal jako Apis violacea, tedy v rodu Apis, do kterého ve stejném díle zařadil i včelu medonosnou Apis mellifera Linnaeus, 1758. Zatímco včela (na které je rod Apis definován) zůstala pojmenovaná stejně dodnes, drvodělku později vědci přesunuli do nového rodu, který spojuje sobě příbuzné druhy, které jsou si vzájemně daleko bližší, než oné včele medonosné. Oba rody ale zůstaly v čeledi Apidae - včelovití.

Tyto přesuny mezi rody vytváří pro některé druhy více jmen (tzv. kombinací), pod kterými ho můžeme hledat ve starší literatuře. Dále se může stát, že jeden a ten samý druh je popsán víckrát, protože exempláře se něčím lišily (barvou, tvarem), ale v přírodě jde jen o variabilitu, nebo protože vědci kdysi prostě nevěděli, že už někdo druh popsal před nimi. Tato jména se potom uvádí jako synonyma, přičemž přednost by mělo mít až na výjimky to starší jméno. Některé druhy tak mohou mít i desítky různých starších kombinací a synonym.

Příroda se příliš zaškatulkovat nedá, klasický linneovský taxonomický systém je do značné míry kompromis a silné zjednodušení. Pro přehlednější zobrazení vzájemné příbuznosti zejména vyšších taxonomických kategorií (rodů, čeledí, řádů...) se často používají tzv. fylogenetické stromy, ve kterých lze ukázat příbuznost pomocí pojmenovaných i nepojmenovaných "škatulek" (tzv. kladů, stromy se někdy označují jako kladogramy) reprezentujících společné vývojové větve.