Termín

Původně se k auxinům řadily všechny látky schopné indukovat prodlužování koleoptily nebo částí stonků. Nicméně auxiny ovlivňují mnoho procesů, proto se v současnosti k auxinům řadí látky s podobnou aktivitou jako IAA, tj. indukce prodlužování buněk koleoptily nebo částí stonků, buněčného dělení v kalusu v přítomnosti cytokininů, tvorba adventivních kořenů aj.

V polovině třicátých let byl auxin identifikován jako indol-3-octová kyselina (IAA). Později byly v rostlinách identifikovány další látky s auxinovou aktivitou jako 4-chlorindol-3-octová kyselina z hrachu nebo indol-3-máselná kyselina z brukvovitých a kukuřice.
Dále bylo připraveno mnoho syntetických auxinů, které se používají v zemědělství a zahradnictví. Příkladem může být 2,4-dichlorfenoxyoctová kyselina (2,4-D).

Biosyntéza auxinů probíhá několika cestami.

IAA může být syntetizován tryptofan-závislou cestou, která existuje ve třech verzích u rostlin a jedné u bakterií:
TAM cesta se nachází u mnoha druhů včetně Arabidopsis. Začíná dekarboxylací tryptofanu na tryptamin (TAM), který je následně několikakrokově oxidován přes indol-3-acetaldehyd až na indol-3-octovou kyselinu.
IPA cesta se nachází u rostlin, které postrádají TAM cestu. Nicméně přinejmenším v jednom případě (rajče) zřejmě fungují obě cesty zároveň (Nonhebel et al. 1993). Nejdříve je tryptofan transaminován na indol-3-pyruvát (IPA), který je poté dekarboxylován na indol-3-acetaldehyd a oxidován na IAA.
V IAN cestě dochází k syntéze indol-3-acetonitrilu (IAN) a jeho hydrolýze nitrilasami. Tato cesta může mít význam pouze u brukvovitých, lipnicovitých a banánovníkovitých. Nicméně nitrilásové geny nebo aktivity byly nalezeny také u tykvovitých, lilkovitých, bobovitých a růžovitých, což naznačuje, že tato cesta může být rozšířena více, než se myslelo.
Bakteriální cesta se nachází u patogenních bakterií jako Pseudomonas savastanoi nebo Agrobacterium tumefaciens. Tato cesta zahrnuje dva enzymy: tryptofanmonooxygenasu a indol-3-acetamidhydrolasu.

Dále může být auxin syntetizován z indol-3-glycerol fosfátu (prekurzor tryptofanu) přes indol-3-pyruvát.