Termín

Polyfyletismus je stav nějaké člověkem vytvořené skupiny organismů, ve kterém se skupina nachází, pokud nezahrnuje společného předka a sestává se z organismů z různých vývojových linií. Taxon (skupina) se pak nazývá polyfyletický a není přirozený. Často jde o skupiny, kde k sobě lidé řadí organismy konvergentní. Např. taxon, který by zahrnoval ryby a kytovce, tedy organismy podobné pouze podle jednoho vnějšího znaku – tvaru těla – nemá při mapování unikátní historie živých organismů žádné opodstatnění a je pouze lidským výmyslem, ve fylogenetice se totiž všeobecně uznávají pouze monofyletické taxony, tedy taxony přirozené.

Polyfyletickým taxonem bývá nazývána skupina organismů, navzájem třeba morfologicky velmi podobných, která je z nedostatku detailnějších znalostí zahrnována do jednoho taxonu (skupiny), ale jedná se ve skutečnosti o několik samostatných skupin s různými vývojovými liniemi.