Termín

Zahrnující jen jeden taxon (druh, rod...)

V kladistickém smyslu je monofyletický taxon ten, který zahrnuje předka a všechny jeho potomky.

Teorie monofylie předpokládá, že určitá skupina organismů pochází z jednoho společného základu (předka).

Celá systematika (taxonomie) se pokouší dosáhnout toho, aby všechny organismy byly uspořádány pouze v monofyletických taxonech. Přes změny, které jsou v taxonomii prováděny, existuje stále řada parafyletických popř. polyfyletických taxonů.
Jako učebnicový příklad rozdílu monofyletismu od parafyletismu slouží plazi. Ptáci patří do skupiny plazů, neboť jejich nejbližší žijící příbuzní jsou krokodýli, krokodýli jsou tedy s ptáky příbuzní více než s ostatními plazy např. s hady. Pokud budou do taxonu plazů zahrnuti i ptáci, je skupina monofyletická, neboť obsahuje všechny potomky předka. Pokud však ptáci v taxonu plazů zahrnuti nebudou, skupina neobsahuje všechny potomky a je tudíž parafyletická, nepřirozená.