Taxon by měl jít zneplatnit. To způsobí, že se neplatný název bude zobrazovat u platného taxonu jako synonymum. A odtud lze neplatný názav smazat.
Mazat taxony takto jednoduše nejde proto, že se na ně může z venku někdo odkazovat. Může to provádět hromadně akorát Ondra Zicha, který ale nemá teď možnost dostat se k internetu. Takže jsem si udělal poznámku a řeknu mu to jak se vrátí.

Včera a dnes jsem se setkal se zajímavým problémem. Při prohlížení galerie ryb jsem si všiml špatně určeného štítníka. Byl určen jako Trigloporus lastoviza, s čímž souvisely hned dva omyly. Jednak jsem přesvědčen, že určení je špatné (to se stává), jednak druh byl přerazen. Všiml jsem si také, že na té samé stránce je jiná fotografie štítníka určená (mnou) jako Chelidonichthys lastoviza. Maličko mne zarazily tři věci 1)že oba tyto synonymizované druhy jsou na Biolibu uvedeny samostatně 2)že autor novější fotografie nezaregistroval, že v galerii je štítník se stejným druhovým názvem
3) že obě ryby vypadají úplně jinak. Ale i takové věci se stávají. Rozhodl jsem se, že celou věc opravím revizí čelidi štítníkovitých (Triglidae) a tehdy začala noční můra. Když jsem zakládal novou čeleď Peristediidae, spadlo mi připojení a při opětovném připojení se do čeledi všechny taxony načetly dvakrát. Protože Biolib neumožňuje taxony přímo mazat, synonymyzoval jserm je, což mi zabralo značnou část odpoledne. Je to při podobné situaci jediná možnost, nebo se v Biolibu za určitých okolností mohou taxcony mazat? S v podstatě stejným problémem jsem se setkal i dnes. Rod Trigloporus byl zrušen, když byl druh Trigloporus lastoviza přesunut do rodu Chelidonichthys. Jediná možnost (o které vím)jak tento rod z Biolibu odstarnit je synonymyzovat jej s rodem Chelidonichthys, což ale není v pořádku, protože se o synonyma nejedná.

Jistě dlouho očekávaná změna - při hromadném zakládání vědeckých synonym se už nemusí oddělovat autorita středníkem. Autorita se nyní rozpoznává podle prvního velkého písmene nebo závorky a několika dalších pravidel, další pravidla budu přidávat až někdo narazí na nějaké výjimky kde ta funkce nefunguje tak jak má. Proto si dávejte při zakládání pozor a vše kontrolujte a chyby hlašte, nebo možná vás už něco napadne při přečtení nápovědy k funkci: Hromadné zakládání vědeckých názvů.

Ondřej Zicha [ 18.06.2006 10:05:44 ]: V řádu pěvců mi zbývá projít cca 1600 druhů.Pak musím dohledat několik málo druhů v předešlých řádech,a všechny recentní řády ptáků by měly být kompletní.

Jindřich Poříz [ 18.06.2006 09:15:28 ]: Já určitě v nejbližší době dodělám funkci, která při označení taxonu jako zpracovaného do druhů tento indikátor automaticky doplní do všech podtaxonů až do úrovně rodů. Takže u těch ptáků stačí dokonce označit až na úrovni řádů, nebo rovnou celé ptáky až budou dokončení pěvci (nevím kolik Vám tam toho ještě chybí), a já pak data doplním do všech podřízených taxonů.

Já včera doplnil systém ještěrů (něco přes 4800 druhů), dále jsou snad kompletní dvouplazi a krokodýli, teď pracuji na hadech, ale bohužel na tom serveru ze kterého hlavně čerpám (EMBL Reptile Database) mají v několika čeledích nějaké pokažené stránky.

U kompletně zpracovaných čeledí stačí tento fakt uvést jen u čeledi,nebo je to nutné uvádět u každého rodu?

Na profilu taxonu přibyl odkaz Stav dat, který (zatím pouze) umožňuje označit taxon, který

a) obsahuje všechny přímé podtaxony (např. čeleď obsahuje všechny rody světa, dle nějakého pojetí)

b) příslušná větev obsahuje všechny druhy světa (recentní)

Tato informace bude dostupná pouze správcům a pomůže jim rozhodovat kde je bezpečné zakládat nové druhy a kde je riziko, že se jedná o synonymum. Nelze samozřejmě někde bezpečně tvrdit, že máme v BioLibu všechny druhy, když je systém autor od autora jiný a když se neustále určují nové druhy. Pokud ale někdo zpracuje nějaký rod/čeleď atp. podle zdroje, který se tváří, že obsahuje druhy světa (v době jeho poslední aktualizace), je vhodné takový taxon označit, aby bylo na první pohled vidět, kde je potřeba zapracovat a kde naopak ne. Aktuální stav dat se zobrazuje hned pod počtem podtaxonů na profilu taxonu, viz. např. Crocodilia. Zatím samozřejmě tato informace není nikde doplněná, ale postupně snad bude a pomůže to lépe udržet přehled o tom co je zpracované.

Administrátoři taxonomického systému mají nyní možnost přidávat/upravovat/mazat checklistová data u jednotlivých taxonů. Snad to funguje tak jak má. Zatím je možné pouze editovat obsah checklistů, a ne přidávat check-listy nové či editovat informace k nim. V checklistech se bude dělat ještě řada úprav, bude se přidávat pole "stav ohrožení" a možná pár indikátorů, každopádně nevím kdy to bude a bylo docela potřeba zprovoznit tu editaci pro případ že někdo narazí na taxon který v seznamu chybí, ačkoliv příslušná větev už v checklistech je.

Dále proběhly nějaké opravy u zneplatňování taxonů, docházelo k přeskakování převodu checklistových záznamů, pokud se oba taxony nacházely ve stejném seznamu (tak se nepřevedly žádné). To samé s vazbou na slovník (a stále k tomu může dojít v případě vazby na biotop a lokalitu, ale to zatím nepoužíváme, tak jsem to neřešil). Ještě tam jsou nějaké úpravy ohledně správného nastavování hlavních národních názvů a obrázků.

Pavel Zuber [ 05.06.2006 08:13:25 ]: Již jsem to opravil, taxony jsem sloučil a ponechal jsem poddruh Salmo trutta fario tak jak je to na FishBase, nebude problém to kdykoliv předělat na jinou taxonomickou kategorii/název, hlavní je, že je tam teď ten taxon už jen jeden.

K diskusi dávám taxonomické zařazení pstruha potočního. Pstruh potoční je v BioLibu zařazen do systému dvakrát, jednou jako Salmo trutta fario jako podtaxon Salmo trutta, podruhé jako Salmo trutta f. fario jako podtaxon Salmo trutta trutta. K oběma taxonům jsou zařazeny (jiné) fotografie, tyto fotografie jsou i v galerii jako fotografie dvou různých taxonů. Tuto situaci považuji za neštastnou a navrhuji ji řešit, ale nejsem si jistý která varianta je správnější, nebo zda je spřávnější nějaká třetí varianta.

Pár změn:

- kontrola při hromadném přidávání synonym se nyní chová stejně jako u přidávání jednoho synonyma, tj. hledají se všechny duplicitní názvy.

- uživatel který má práva na taxonomii a nemá práva na galerii může v galerii přímo editovat determinaci fotografie bez nutnosti přidávat určení a pak ho potvrzovat. Týká se to zatím pouze potvrzených fotografií. Tohle už mělo fungovat asi měsíc, že to nefunguje jsem si všimnul až dnes, omlouvám se.

Já diskutované zařazení nepovažuji za chybné, ale za diskutabilní, proto jsem o něm chtěl diskutovat v diskuzním fóru. Sám také nejsem paleontolog, doufal jsem, že vyvolám reakci někoho povolanějšího, kdo mi třeba napíše, že zařazení rodu Bilinia do čeledi Percichthyidae je mimo diskuzi. Zařazení do čeledi Moronidae jsem čerpal podobným způsobem jako vy, tak je otázkou, zda přeřazení je v tomto případě řešením. U percichthydů mne trochu přivedlo do rozpaků, že čeleď má pouze sladkovodní druhy, a je velmi pravděpodobně polyfiletickou skupinou. Možná že jde Bilinia zařdit k percichthydům v nejširším smyslu, ale percichtidi v jejich nejširším smyslu patrně objektivně neexistují. Bohužel, přestože jsem poukázal na problém, sám nevím jak jej vyřešit.

Tento rod jsem zařazoval já, vzhledem k tomu že jsem zpracovával několik set fotografií od pana Motyčky, je možné že jsem nevěnoval vybírání nejvhodnější čeledi dostatek pozornosti. Pokud nenajdu druh v nějakém mém oblíbeném zdroji (u ryb fishbase), většinou dám na google hledat rodové jméno + slovo family, a z výsledků vyberu ten nejčastější nebo nejodborněji vypadající. Protože nejsem odborník na ryby a na fosilní ryby už vůbec ne, nějaké podivnosti si nevšimnu. Při hledání zařazení Bilinia jsem narazil na tento zdroj: http://www.borntraeger-cramer.de/pubs/jo..., kde se píše ...Concerning the systematics, an assignment of this genus to the Percichthyidae in their widest meaning (c. t. Gosline 1966, Johnson 1984) seems to make more sense than the former classification with the Serranidae.... Ovšem je to asi docela starý článek, budu rád když taxon přeřadíte dle svého uvážení na nejvhodnější místo.

Dnes jsem opravil zařazení rodů v čeledi paokounovitých (Percichthydae)a všiml jsem si také, že do této čeledi je V BioLibi zařazen fosilní druh Bilinia uraschista. Nejsem paleontolog a netroufám si zařazovat fosilní taxony, ale zajímalo by mne, nakolik si jsou autoři zařazení jistí jeho správností. Při letmém pohledu na internet jsem našel dvě jiná zařazení - Moronidae (což mi připadá celkem pravděpodobné, odpovídalo by to i tomu, že recentní druh Dicentrarchus z této čeledi byl v BioLibu také mylně zařazen do čeledi Percichthydae) a Serranidae (to mi připadá nepravděpodobné). Čeleď Percichthydae je velmi problematickou skupinou i u recentních taxonů a zařazovat do ní fosilní druhy je možná taxonomický hazard.

Nová nápověda (většina z vás to ovládá, ale pro nové administrátory se to bude hodit):
Změna druhu na poddruh, poddruhu na druh a přesouvání mezi rody

Předělal jsem vyhledávací okno pro výběr ID taxonu do formuláře, chová se teď stejně jako normální hledání, tedy vědecké názvy a české názvy se prohledávají zvlášť, je to tak rychlejší (i když možná slabě méně přehledné).

Další změna je že jsem ve formuláři pro editaci taxonu sloučil editaci a přesouvání taxonu, takže lze změnit název a zároveň taxon přesunout na nové místo, už jsem to měl udělat dávno, ale nebyla to úplně triviální změna. Doufám že si to teď nebudete moc plést a zneplatňovat taxony místo přesouvání.

Druhy mezitaxonových vztahů - tabulka vztahů zatím definovaných v BioLibu

Mezitaxonové vztahy - administrátoři - pokyny pro vytváření

Kdyby měl někdo nějaké elektronické materiály ze kterých by šly vztahy importovat, nebo je chtěl vytvořit, stačil by nějaký třeba Excelový soubor kde v jednom sloupci by byl latinský název jednoho druhu, ve druhém druhý a ve třetím nějaká zkratka toho vztahu, tak abych to z toho pochopil, já už si to potom upravím sám.

Z historie změn: na profilech taxonů se nyní zobrazuje seznam mezitaxonových vztahů (potrava, hostitelé, symbionti atp.)

Mezitaxonové vztahy můžou přidávat všichni správci, ale musím říct, že jsem to zprovoznil hlavně kvůli tomu aby bylo možné dohodnout se na podobě té funkce, než že by byla vyloženě hotová. Formulář proto používejte opatrně a s rozmyslem, a když vás napadne jak ho vylepšit, sem s nápady.

Pozor, pokud se ve výberu ve formuláři neřekne jinak, vytvoří se dva záznamy, ke každému taxonu jeden, přičemž vždy se volí vztah druhého taxonu k prvnímu, tj. když zadám že druhý taxon je predátor, tak na profilu prvního se zobrazuje "predátor: taxon 2" a u taxonu 2 se zobrazuje "kořist: taxon 1".

Taky nepište každý mezidruhový vztah co vás napadne, když já nevím vydra žere ryby, tak nemá smysl ke každé vydře přidávat všechny možné druhy ryb. Je to spíš pro použití u nějakých význačných vztahů, u hmyzu hostitelské rostliny, symbióza s blanokřídlým hmyzem atp. Dá se provazovat i vyšší taxon než je druh.

Jak už jsem řekl, založí se dva záznamy nezávislé na sobě, proto pokud zjistíte že jste udělali chybu, je nutné smazat záznam na obou strnách, stejně tak když změním druh vztahu, tak se na druhé straně vztah automaticky neupraví. Je to prostě proto, aby šly dělat prakticky jakékoliv vztahy.

Očekávám komentáře.

Maculinea arion
Fasciola hepatica

Skutečně to souviselo se zmíněnými dvěmi mezerami, teď už by to mělo jít správně založit i kdyby bylo mezer mezi jednotlivými slovy třeba deset. A to i u autority, i na začátku a na konci řádku.