Díky, funguje.

Václav Hanzlík [ 02.07.2008 10:07:15 ]: Moje chyba, upravoval jsem to hromadné přidávání taxonů tak dlouho, až přestalo správně fungovat to normální. Už by to mělo být v pořádku. Díky za upozornění, já už taxony zakládám jen hromadně, tak jsem si toho nevšimnul. Při tom hromadném zakládání totiž nemusím oddělovat latinský název od autority, takže je to rychlejší i když zakládám jeden taxon. Ale ta autorita se nemusí správně oddělit, i když takových případů je snad velmi málo.

Nevím jestli jsem něco nepřehlédl, ale - dříve, když jsem založil taxon, který již existoval, naskočilo okno duplicity a stačilo dát Zpět aniž by se něco dělo.
Teď mi okno sice hlásí kontrolu duplicity, ale současně se ten samý taxon založí podruhé. Totéž platí, pokud je název uvedený již jako synonymum jiného - přesto se automaticky založí nový platný taxon.
Poraďte, jak se mám vyhnout následnému složitému zneplatňování duplicitnho taxonu.
Díky, Vašek

Jak bylo předtím možné označit taxon jako "nejistý" a zobrazoval se s tím otazníkem, tak jsem to předělal na možnost označit ho jako nejistý/inquirenda/dubius. Že je taxon nejistý slouží spíše jen administrátorům, uživatel na taxonu nic nepozná. U inquirenda a dubius se zobrazují nějaké vysvětlivky. Inquirenda znamená že je taxon "v šetření", tj. že je nejasné jak je to s jeho platností a je potřeba to dále zkoumat. Dubius se s inquirenda částečně překrývá, jde o taxony, které jsou vyloženě nejasné i vědcům a nelze ověřit jak to je s jejich platností (třeba se ztratily holotypy). Doufám že jsem to pochopil správně... Tuším se to ale používá jen v zoologické nomenklatuře, to ještě budu muset nějak ošetřit, aby se to ve formuláři zobrazovalo jen tam. Myslím že je rozumné mít možnost takové taxony odlišit.

Ještě bych rád nějakým způsobem vyřešil status nomen nudum, tj. nepoužitelné jméno vzniklé nesprávným popisem taxonu (když autor popisu nesplní nějaká pravidla). Taková jména často nelze přiřadit k žádnému druhu, v jiných databázích se často přiřazují jako synonyma k rodu. Udělal bych to tak, že se nomina nuda nebudou zobrazovat v synonymech na profilech, jen ve funkci Názvy. Při hledání se tak člověk dostane např. na rod. Udržovat v BioLibu nomina nuda má smysl už jen v tom, že pod tím názvem pak nepůjde jednoduše založit platný taxon (tj. zastaví se to na kontrole duplicit). Platné taxony samozřejmě mohou mít stejný název jako nějaký dřívější nepoužitelný (budou se lišit jen autoritou, nemusí se vůbec jednat o druh popsaný ze stejného holotypu), v takovém případě bude stále fungovat ignorování duplicit.

Ta mezera musí být pouze před prvním rovná se nebo pomlčkou, pak už je to jedno. Pokud se to zapíše špatně, tak při nejhorším se může stát, že se to synonymum dostaně do autority toho předchozího názvu, což se dá samozřejmě jednoduše ručně opravit, ale je dobré na to dávat pozor.

Upravil jsem hromadné zakládání taxonů, jednak se teď ignorují tabulátory (a stejně jako předtím vícenásobné mezery před názvem, mezi názvem a autoritou, či za autoritou, samozřejmě jsou přeskakovány i prázdné řádky), takže nyní není ve většině případů potřeba upravovat text kopírovaný z jiné stránky, excelu atp. (ty tabulátory předtím způsobovaly že se občas špatně odhadnul začátek autority a kus autority se dostalo do názvu.

Za druhé - asi jste si všimli že u hromadného přidávání přibylo zaškrtávátko náhled a v případě duplicit zaškrtávátko "Přeskočit duplicitní záznamy". Náhled je asi docela jasný, to druhé zmíněné zaškrtávátko dělá to že rádky na kterých byla nalezena duplicita se přeskočí (narozdíl od Ignorovat duplicity kdy se naopak založí).

Třetí změna (ke které budu muset ještě napsat nápovědu, až to bude pořádně otestované) je ta, že do hromadného přidávání taxonů lze psát i české názvy a vědecká synonyma. V podstatě jde o to, že se v řádku hledá znak "=" nebo "-" (musí před ním být mezera) a všechno před tímto znakem se zpracuje "po staru" (tedy jako nový platný taxon) a všechno za ním se dále rozdělí podle středníku, a jednotlivé názvy se založí buď jako národní názvy (v nastaveném jazyce), pokud začínají pomlčkou, a jinak (rovnítko nebo nic) se bere jako vědecké synonymum (může být samozřejmě i s autoritou). Pokud je za tím rovnítkem ještě znak lomeno "/", tak se synonymum označí jako "incl.". Dost se na tyhle složitější přidání hodí ten náhledový režim.

Takže jde zadat toto:

Lynx lynx (Linnaeus, 1758) =Felis lynx Linnaeus, 1758;=Janevimco neco;- rys ostrovid; -kočka rys
či
Lynx lynx (Linnaeus, 1758) - rys ostrovid; = Felis lynx Linnaeus, 1758

atd. Leckde by to mohlo usnadnit práci, když se s tím člověk naučí. Samozřejmě ta synonyma se také zapojují do kontroly duplicit. Pokud se najde duplicita podle synonyma a zaškrtne se volba "Přeskočit duplicitní záznamy", přeskočí se celý řádek, ne jen to synonymum.

Mimochodem pro ty kteří si to nepřečetli v historii změn - k dispozici je nyní funkce, která dohledá k seznamu vědeckých názvů čísla taxonů v BioLibu. Vstupem je CSV soubor (možno vytvořit a číst pomocí Excelu) ve kterém je sloupec latinských názvů (možno i s autoritou, ale lépe bez ní), výstupem je CSV soubor s doplněnými čísly, případně s doplněným platným názvem, pokud se taxon propojil přes synonymum.

Je možné funkci použít pro kontrolu že jsou názvy v seznamu stejné jako názvy v Biolibu, tedy že na jedné nebo druhé straně nejsou překlepy, dále lze takto zjistit jestli nějaké z názvů v BioLibu nechybí, řekněme kdyby někdo měl seznam druhů nějaké čeledi a chtěl zjistit jestli jsou všechny založené v BioLibu a pod jakými názvy.

Více zde - Doplnění ID taxonů do souboru

- při zneplatňování taxonů vyšších než druh je možno zvolit, že bude synonymum zneplatňovaného druhu automaticky označeno jako "incl.", tedy že se nejedná o synonymum ke skupině, ale je do ní skupina v použitém systému zahrnuta.

- napsal jsem další volbu pro funkci Systémové nástroje/Speciální seznamy taxonů s důmyslným názvem "Taxony s nevhodným hlavním obrázkem", která vyjede seznam taxonů, kde je jako hlavní obrázek nastavený obrázek asociovaný s některým z termínů lebka, kostra, housenka, larva, hnízdo, vajíčko atp., zkrátka hlavní obrázky by měly být dospělých jedinců, pokud takové nejsou, je lepší nastavit obrázek jako vedlejší, aby se při příštím přidání stejného druhu nový obrázek automaticky nastavil jako hlavní. Všechny takovéto případy jsem opravil, těch pár co tam vyjede jsou spíš případy kde je třeba u hnízda vyfocen dospělý pták atp. Tuhle funkci nemusíte samozřejmě používat, většinou to já jednou za čas zkontroluju a přenastavím. Spíš jen abyste věděli že něco takového tady je a že se to občas kontroluje.

- udělal jsem docela zásadní změnu, doufám že všechno bude fungovat tak jak má. Při determinaci obrázku, kdy je přiřazený taxon nižší než druh (poddruh, forma, aberace, s výjimkou plemen, hybridů a pár dalších), se automaticky vygeneruje vazba obrázku na taxon druhu a zobrazí se na jeho profilu, pokud tam už není dost obrázků které jsou určené přímo jako ten druh. Obrázky se zobrazují v tomto pořadí

1) hlavní obrázek
2) obrázky determinované do druhu, pokud nejsou skryté z profilu
3) obrázky poddruhů, pokud nejsou skryté z profilu

Obrázek poddruhu jde nastavit jako hlavní obrázek druhu. Doufám že při změnách determinace z druhu na poddruh a naopak nebo při změně z poddruhu na úplně jiný druh nebo vyšší taxon se všechno nastaví / odnastaví tak jak má, napsal jsem si nějaké kontrolní funkce, tak uvidíme. Udělal jsem to proto, že spousta taxonů má obrázky pouze na poddruhových a nižších taxonech a na profilu druhu není žádný... Ukázka: Araschnia levana

Pro skrývání odkrývání obrázků z profilu je možné použít funkci Akce s obrázky, která zobrazuje všechny obrázky přiřazené k taxonu (ať už determinací nebo vazbou na obrázek) a dá se z ní jednoduše vyčíst co se zobrazí a co ne a proč.

Opět se změnil formulář pro přidávání mezitaxonových vztahů, jen doufám že k lepšímu. Krom toho, že nyní mohou uživatelé přidávat nepotvrzené mezitaxonové vztahy, tak se změnila celá podoba a logika toho formuláře (předtím tam totiž moc logiky nebylo).

Formulář teď má dvě části. V první se vybere druh vztahu a druhý taxon, tedy to, co se objeví na profilu taxonu, ke kterému je vztah přidávaný. Např. když chci přidat potravu nějakého motýla, z jeho profilu dám přidat mezitaxonový vztah, vyberu druh rostliny, zvolím typ potrava a dám pokračovat. Tím se dostanu do druhé části formuláře. Začátek formuláře zůstává stejný, je zde druhý taxon a typ vztahu. V druhé polovině formuláře se automaticky předvyplní typ vztahu, který se vygeneruje na opačném konci, tedy u zvolené rostliny. K potravě se například přednabídne "spásač". Je ale možné vztah změnit, nebo dokonce druhou stranu vztahu vůbec nevytvářet. Po potvrzení tohoto formuláře už se na u motýla vytvoří položka "potrava - název rostliny" a u rostliny položka "spásač - název motýla".

Formulář pro editaci zůstává stejný jako předtím. Jen pozor, že se vždy edituje jen jedna strana vztahu, tedy pokud se změní taxon nebo typ vztahu, u druhého taxonu zůstává původní vztah.

- další drobné zjednodušení práce s taxony: při každé změně platného názvu druhu (přidání platného názvu, editace platného latinského názvu, přepsání platného latinského názvu při potvrzení atd.) se automaticky provede kontrola, zda rodové jméno odpovídá rodovému jménu z nového názvu. Pokud ne, název se sice uloží, ale objeví se varování (což pomůže když se člověk uklepne v názvu) a zároveň se nabídne seznam rodů (pokud nějaké existují), pod které by se taxon dal přesunout, včetně odkazu, který otevře formulář pro přesunutí taxonu s předvyplněným id nového rodu. Čiliže změna zařazení druhu by teď měla být o něco pohodlnější.

Příklad: Zjistím že lišejník Rhizocarpon jemtlandicum se podle Index Fungorum jmenuje Megalaria jemtlandica, přidám tedy nový vědecký název jako platný, BioLib zjistí že se liší rodové jméno, nabídne rod Megalaria, kliknu na [Přesunout pod záznam], potvrdím a je hotovo.

Funguje to tedy zatím jen pro druhy (i když jsou zařazené po podrodem), neřeším to u žádných nižších taxonů. Dále to samozřejmě nebude fungovat, pokud rod v BioLibu chybí. A stejně dříve je nutné dávat si pozor, jestli nepřesouvám živočicha pod nějaký stejnojmenný rod rostliny...

Vědecké názvy (synonyma) je nyní také možno označovat jako sporné. Všiml jsem si, že někteří správci píšou otazníky přímo do vědeckého názvu, což sice vypadá tak jak má, ale nedá se to potom podle toho názvu pořádně najít (stejně tak v takovém případě nefungují kontroly na duplicity). Ty názvy s otazníkem časem opravím na ten nový typ synonyma.

Další drobná změna - už trochu starší, mnozí si toho možná všimli - je, že při přidání vědeckého názvu, který už v databázi je, se v té výstražné zprávě objeví vedle tlačítka editovat i tlačítko zneplatnit, pomocí kterého se dá jednoduše dostat rovnou do formuláře pro zneplatnění příslušných dvou taxonů.

Taxony je nyní možné označovat jako nejisté (sporné). Měly by se tak označovat taxony, u kterých není možné na základě dostupných zdrojů zjistit, zda se jedná o platný taxon. Používal bych to například pro taxony, které se nenacházejí v žádných souborných databázích druhů, takže je skoro jisté, že se jedná o nějaké synonymum, ale nelze zjistit k čemu.

To označení je kvůli tomu, aby tam ty taxony "nestrašily" a aby se dal udržovat přehled o problematických taxonech (předtím jsem to řešil pouze zápisem otazníků do poznámky k taxonu). Na profilu a v přehledu podtaxonů se potom u názvu takto označeného taxonu zobrazuje otazník.

Příklad: Hemiculterella soldatovi, Hemiculterella.

Určitě by se to označování nemělo používat v případech, že si správce pouze není taxonem jistý, ale jen tehdy, když má důvodné podezření, že je ten taxon neplatný. Třeba české názvosloví ryb co kdysi vyšlo v edici NM je plné takových sporných taxonů, které nejsou nejen ve Fishbase, ale ani nikde jinde na internetu. Samozřejmě to ještě neznamená, že taxon neexistuje, je to jen takové upozornění pro taxonomy, že s taxonem není něco v pořádku.

Až se budou jednou do BioLibu importovat vazby taxonů s literaturou, tak se třeba spousta takových sporných taxonů vyřeší. Pak samozřejmě půjde označení odstranit nebo taxon synonymizovat s jiným.

- u národních názvů přibyly další dva typy "název pro samce" a "název pro samici", viz třeba synonyma zde: Gallus gallus f. domestica

- předělal jsem systém rozcestníků, už nejde aby se na jedné stránce zobrazovalo víc úrovní stromu, bylo to moc náročné, jak na zobrazení tak na údržbu. Ono to stejně nevypadalo moc dobře, když tam bylo těch úrovní víc.

- více méně jsem dokončil anglickou verzi administrátorské části pro taxony a texty k taxonům, tak teď už jen najít nějaké ty zahraniční správce. Jeden by zájem měl, jakýsi italský specialista na tesaříky.

Jiří Berkovec [ 24.10.2006 20:50:42 ]: Smazáno.

- v polích vědecký název, autorita i národní název ve formulářích taxonu, názvů, i v hormadném přidávání, i nepotvrzených, se nyní automaticky odstraňují vícenásobné mezery. Předtím se odstraňovaly pouze mezery na začátku a na konci, takže to pak špatně fungovalo vyhledávání a kontroly duplicit, opravoval jsem to vždy jednou za čas ručně.

Takže lze přidat název "  Ignacius   zloyolus " a mělo by se to založit správně. Když ten název člověk kopíruje z nějaké jiné stránky, tak se mu tam ty mezery občas dostanou, třeba v názvech na FishBase mají mezi rodovým a druhovým vždycky dvě. Teď už si s tím člověk nemusí dělat hlavu.

K taxonomii savců: Možná by nebylo špatné kdyby se na tomto domluvili pánové Pavlů a Anděra společně. Pana Anděru by to jistě zajímalo už jen jako autora toho kritizovaného Názvosloví.

Mohl bych také předělat zneplatňování taxonu tak, že by šlo ovlivnit aby se nepřenášelo synonymum, popř. aby se automaticky nepřenášel shodný název.

Jinak proběhla změna okolo Incertae sedis taxonů. Zatímco předtím je někdo zakládal do umělých "XYZ Incertae sedis" taxonů a někdo rovnou pod první nadřazený taxon na úrovni jiných taxonomických kategorií, nyní je možné označit taxon jako i.s. v editačním formuláři a zobrazuje se odděleně od ostatních podtaxonů, také ve funkci Zařazení v systému a Profil taxonu (odkaz na nadřazený taxon) se změna promítne, viz např. podtaxony v Mammalia. Snad jediná nevýhoda je že se pomocí těch umělých taxonů nedá říct kolik incertae sedis taxonů (a jaké kategorie) nad určitým podtaxonem leží. Ale myslím že je to takhle přehlednější a dá se s tím lépe manipulovat, co se různých kontrol dat týče.

Jiří Berkovec [ 23.08.2006 16:09:58 ]: Pro takovéhle případy je možné rody sloučit pomocí Zneplatnění taxonu a druhům přidat správné platné názvy. Uživatel bude ze zneplatněného rodu automaticky přesměrován na platný. Také je možné vzniklé synonymum označit jako "incl.", aby se zdůraznilo, že nejde o synonyma jako taková, ale o sloučení dvou rodů. To je asi stejný případ jako ten problém s Chelidonichthys a Trigloporus v předchozí otázce.

Druhou možností je druhy přesunout ručně a ponechat v systému oba rody, a ten zrušený označit jako v systému BioLibu nepoužitý, popř. k němu doplnit libovolný vysvětlující text (textový blok Taxonomie).

Pavel Zuber [ 10.08.2006 09:46:39 ]: To založení duplicitních taxonů je podivná chyba, pokusím se prověřit jak k tomu mohlo dojít. Při hromadném přidávání, pokud se založí taxony (ať už korektně nebo během zakládání spadne připojení, což se bohužel někdy stává), tak při zopakování akce se duplicitní taxony nezaloží neboť neprojdou kontrolou na duplicity (objeví se varování a zaškrtávací políčko pro ignorování duplicit). Duplicitní taxony se proto podle mne mohly založit pouze v případě, že bylo při prvním založení zaškrtnuté políčko Ignorovat duplicity (při předchozím pokusu o přidání s nějakým varováním) a pak byla akce zopakována po pádu připojení, a nebo byly duplicity už v rámci políčka hromadného přidávání taxonů - tam se totiž zatím duplicity nekontrolují, pouze proti taxonům v databázi.