V České republice je kormorán velký chráněn a je rovněž v příloze I evropské Směrnice o ptácích Natura 2000. Hnízdící populace se vyskytují na rybnících CHKO
Třeboňsko a v dolním
Podyjí, jejich početnost dosahuje několik set kusů. V podzimních měsících ovšem přetahují přes území zejména jižních Čech až desítky tisíc kormoránů, jejichž lov může v krátkém časovém období vést k výrazným škodám na rybí obsádce. Proto je kormorán zahrnut v zákoně o náhradě škod způsobených zvláště chráněnými druhy živočichů. Každý majitel rybníka tak může na základě prokázané škody požádat o náhradu, která je mu vyplacena z rozpočtu Ministerstva životního prostředí. Navíc v nejexponovanějších lokalitách je povolen odstřel. Kormorán ovšem nemá dobré maso ani vhodné peří a jeho odstřel tak má výhradně regulační účel.