Lidé velmi často pletou jaguára s
levhartem. Od sebe se liší mnoha znaky. Jaguár má podsaditější postavu, která působí celkově robustnějším dojmem. Dosahuje také větších hmotností než levhart. Hlava je v poměru k tělu mohutnější , ocas a nohy má kratší. Nejpodstatnější rozdíl je v kresbě.
Levhart má skvrny na bocích těla menší a prázdné, kdežto u jaguára jsou rozety větší a uvnitř je ještě jedna i více dalších tmavých skvrn. Na hlavě, krku, plecích, pánevních končetinách a ocase jsou rozety plné nebo bez vnitřní skvrny. Konec ocasu je vždy černý. Stejně jako u levharta se u jaguára občas vyskytují černě zbarvení jedinci. Této barevné odchylce se říká
melanismus, u jaguárů je však poměrně vzácná. Ale i u takto zbarvených zvířat lze při bočním osvětlení pozorovat na srsti rozety. Jinak je jeho základní zbarvení žlutavé až okrově oranžové, uvnitř rozet a na hřbetě má srst sytější barvu. Vnitřní strany stehen a břicho je zbarvené světle krémově nebo téměř bíle. Skvrny jsou velmi tmavé až černé.