Jeskyně Šipka je nejznámějším krasovým útvarem štramberského krasu. Její archeologický výzkum přinesl nález spodní čelisti neandertálského dítěte (
Homo neanderthalensis). Při pozdějších výzkumech byly nalezeny předměty z doby bronzové. Základ jeskyně byl pravděpodobně vyhlouben vodním tokem obtékajícím Kotouč již v předledovcových dobách. Při ústupu ledovce byly jeskyně rozšiřovány tavnými ledovcovými vodami. Spolu s táním ledovce asi došlo k odnosu měkkých hornin obklopujících Kotouč a říční síť se zahloubila na dnešní úroveň. V přední části jsou na stropě patrné trosky někdejší bohaté krápníkové výzdoby zničené lidmi krátce po jejím objevení.
Chráněné druhy hmyzu jsou vázány zejména na horní vápencové plošiny. Jedná se např. o taxony: čmelák (
Bombus spp. , ohrožený rod), jasoň červenooký (
Parnassius apollo, kriticky ohrožený druh), otakárek fenyklový (
Papilio machaon, ohrožený druh), otakárek ovocný (
Iphiclides podalirius, ohrožený druh) Živné rostliny zde nalézá soumračník skořicový (
Spialia sertorius), soumračník čárkovaný (
Hesperia comma) ad.
Významný je výskyt obojživelníků: ropucha obecná (
Bufo bufo, ohrožený druh), ropucha zelená (
Pseudepidalea viridis, ohrožený druh), z plazů užovka obojková (
Natrix natrix, ohrožený druh) ad.
Závěrná stěna vápencového lomu, navazující na NPP Šipka, je významná z hlediska výskytu druhů: ještěrka obecná (
Lacerta agilis, silně ohrožený druh), ještěrka zední (
Podarcis muralis, kriticky ohrožený druh) ad. Pravděpodobné je hnízdění výra velkého (
Bubo bubo, ohrožený druh).
V neovlivněných porostech jsou zastoupeny převážně bučiny, květnaté bučiny a v malé míře i suťové lesy. Roste tady árón karpatský (
Arum cylindraceum), lilie zlatohlávek (
Lilium martagon), drnavec lékařský (
Parietaria officinalis), bělozářka liliovitá (
Anthericum liliago), kruštík drobnolistý (
Epipactis microphylla), vstavač mužský (
Orchis mascula), vemeník zelenavý (
Platanthera chlorantha) nebo okrotice bílá (
Cephalanthera damasonium).
Kromě vyšších rostlin jsou zde i pozoruhodné mechorosty a kapradiny, například drobná kapradina jelení jazyk celolistý (
Phyllitis scolopendrium) a velmi drobná vratička měsíční (
Botrychium lunaria), dále bukovinec osladičovitý (
Phegopteris connectilis) nebo mech (
Timmia bavarica), rostoucí zde na jednom ze tří míst v České republice. Z trav zde můžeme najít kostřavu sivou (
Festuca pallens), strdivku brvitou (
Melica ciliata), z vyšších rostlin dále devaterník vejčitý (
Helianthemum grandiflorum), čistec přímý (
Stachys recta), lomikámen vždyživý (
Saxifraga paniculata), lomikámen tříprstý (
Saxifraga tridactylites) či dvojštítek hladkoplodý (
Biscutella laevigata).