CZ EN
HLEDAT  

Nápověda

Tato nápověda se týká základních informací o souborech pro import vědeckých synonym, autorit, národních názvů a checklistových dat.

Některá data lze do BioLibu přidávat hromadně. Importy dat ze souboru do BioLibu musí provádět správce, který data v souboru ověří, propojí s existujícími taxony v BioLibu, vyloučí duplicitní data, postará se o to aby byl soubor ve správném formátu a kódování atp. Soubory proto posílejte například na email uvedený na účtu hlavního administrátora.

BioLib umí zpracovávat soubory typu CSV, které importujeme většinou v kódování UTF-8 (zejména kvůli speciálním znakům v autoritě taxonů), ovšem ukládat CSV v UTF-8 je poněkud komplikované, přijímáme proto raději soubory XLS (Microsoft Excel) a ODS (OpenOffice Scalc). V určitých případech, kdy není potřeba mít data rozdělená do sloupců, přijímáme i textové soubory (TXT), dokumenty Microsoft Wordu (DOC), HTML a další soubory dle dohody. Data ve formátu PDF se zpracovávají většinou dost špatně, ale pokud není jiná možnost, zpracujeme i takové soubory.

Pro importy, při kterých je potřeba přidávat data k existujícím taxonům (například import vědeckých synonym, národních názvů, citací, checklistových dat atp.) je třeba, aby soubor obsahoval nezkrácený latinský název (ovšem třeba bez podrodového jména), například "Carabus violaceus". Ještě lepší je, když je v souboru uvedená i autorita taxonu, např. "Linnaeus, 1758", přičemž preferovaná je varianta, kdy je autorita ve vlastním sloupci, ale je možné zpracovat i druhy, kdy je celý název, tj. "Carabus violaceus Linnaeus, 1758" v jednom sloupci.

Tedy

LATINAUTHORITY...
Cortinarius armillatus(Fr.) Fr....

nebo

LATIN...
Cortinarius armillatus (Fr.) Fr....

Latinský název se může vícekrát opakovat, například pro import více názvů. Soubory nemají definováno žádné pevné pořadí a názvy sloupců a řazení položek, jsme schopní si data upravit podle potřeby, pokud obsahují všechny potřebné údaje. Samozřejmě je ale lepší před posláním souboru se s námi předem domluvit.

Soubory pro import vědeckých názvů

Soubor musí obsahovat latinský název taxonu, případně i jeho autoritu. Každé vědecké synonymum musí být na vlastním řádku. Soubor tedy může obsahovat čtyři sloupce - název taxonu, autoritu, synonymum, autorita synonyma. Umíme ale i zpracovat soubory, kde je název a autorita taxonu či přidávaného synonyma v jednom sloupci. Duplicitní záznamy jsou při zpracování přeskočeny. Soubor může vypadat třeba takto:

LATINAUTHORITYSYNONYMSYNAUTHORITY
Cortinarius armillatus(Fr.) Fr.Agaricus armillatusFr.
Cortinarius armillatus(Fr.) Fr.Hydrocybe armillata (Fr.) M.M. Moser

nebo

LATINAUTHORITYSYNONYM
Cortinarius armillatus(Fr.) Fr.Agaricus armillatus Fr.
Cortinarius armillatus(Fr.) Fr.Hydrocybe armillata (Fr.) M.M. Moser

atp.

Soubory pro import autorit

Soubor musí obsahovat latinský název taxonu - nemusí se přitom jednat o platný název, autority lze pomocí importu doplňovat i k synonymům.

Soubor může vypadat třeba takto

LATINAUTHORITY
Cortinarius armillatus(Fr.) Fr.
Agaricus armillatusFr.

Soubory pro import národních názvů

Soubor musí obsahovat latinský název taxonu, případně i jeho autoritu. Národní názvy lze zapisovat různými způsoby. V případě, že soubor obsahuje názvy pouze pro jeden jazyk, mohou být národní názvy zapsané buďto v jednom sloupci (takže při uvedení více názvů pro jeden taxon se latinský název opakuje), mohou být ale zapsané i více sloupcích, takže latinský název je v jednom řádku a následuje několik sloupců národních názvů v jednom jazyce.

LATINAUTHORITY
Carabus violaceusLinnaeus, 1758pavučinec červenokaštanovývodohlav červenokaštanový

nebo

LATINAUTHORITYCS
Carabus violaceusLinnaeus, 1758pavučinec červenokaštanový
Carabus violaceusLinnaeus, 1758vodohlav červenokaštanový

V případě, že je potřeba importovat názvy ve více jazycích, ideální je mít vždy pro jeden jazyk jeden sloupec a názvy oddělit čárkou, například:

LATINAUTHORITYCSSK
Carabus violaceusLinnaeus, 1758pavučinec červenokaštanový, vodohlav červenokaštanovýpavučinovec gaštanovohnedý

Národní názvy se píšou bez členu, v češtině a slovenštině by mělo být první písmeno malé.

Soubor pro import check-listových dat

Soubor musí obsahovat latinský název taxonu, případně i jeho autoritu. Pokud soubor obsahuje data jen pro jeden check-list (například pro Českou republiku), může soubor obsahovat pouze seznam latinských názvů, které se mají do check-listu přidat. Případně může jeden sloupec obsahovat indikátory, že je taxon v oblasti vyhynulý (písmeo e), introdukovaný (i), synantropní (s) a nejistý (?). Znaky se napíší do jednoho sloupce. Introdukovaný synantropní druh bude mít tedy ve sloupci text "is" (ale i "si!, "s,i" atp).

Řádky tedy může vypadat

LATINAUTHORITYČR
Carabus violaceusLinnaeus, 1758
Carabus caelatusFabricius, 1801?

Pokud soubor obsahuje data pro více check-listů najednou, je třeba do sloupce příslušející určitému checklistu zapsat znak 1 (+ případné indikátory), pokud druh do check-listu nespadá, tak nic nebo "0".

Řádka tedy může vypadat

LATINAUTHORITYČRGrónskoMars
Carabus violaceusLinnaeus, 17581e

Importy citací

Importy citací k platným názvům, synonymům, národním názvům a check-listovým datům mohou vypadat stejně jako výše zmíněné soubory, pokud data pochází z jednoho zdroje (což je lepší varianta), citaci není třeba doplňovat do jednotlivých řádků, stačí ji napsat třeba v mailu administrátorovi a on ji doplní ke všem importovaným položkám. Pokud je třeba importovat citace více zdrojů, může být do souborů přidán sloupec, který obsahuje buď úplnou citaci nebo její zkratku, přičemž citace se buď importuje jako text, nebo administrátor založí zdroj v databázi odkazů a literatury a v importovaném souboru ho nahradí jeho kódem.

Pokud má být soubor krom importu chybějících dat použitý pro doplnění citací, je třeba dbát na to, aby vědecké názvy taxonů byly uvedeny v přesně stejné podobě jako v zpracovávaném zdroji, tedy i pokud je na BioLibu nastavený jiný platný název nebo pokud opisovaný název obsahuje chyby. U citací je potom například vidět, kdy zdroj uvádí taxon pod jiným názvem, kdy se národní název vztahuje k nějakému synonymu a ne k platnému názvu atp.

Poslední změna: 19.01.2009

Možnosti podílení se na BioLibu

Komentáře