Založil jsem místnost pro diskuzi o úzce související funkci - Tagování obrázků a taxonů - barvy atp.

Tomas HLUSKA [ 24.02.2009 00:34:39 ]: Zatím to jde pouze když je obrázek v galerii - potom se dá Přidat text, z toho formuláře se přepne na Přidat obrázek a zadá se tam ID obrázku. A potom lze pomocí Akce s texty umístit obrázek mezi libovolné dva textové bloky a on se pak vnoří do toho bloku co je hned pod ním.

Druhá možnost by byla linkovat tam obrázky přímo pomocí tagu [[image:url]], ale to se pak nezarovná s textem, a navíc je lepší když jsou ty obrázky linkované z BioLibu, jenže tam je zas můžu mimo galerii zatím nahrávat jen já...

Jak lze udělat tak pěkně obrázek v textu, jako je to tady?

Ondřej Zicha [ 22.02.2009 18:15:39 ]: No on slouží primárně asi pro zachycení "2D" struktury. V podstatě to je přepis do 1D, něco jako název, akorátže možná univerzálnější, ale určitě složitejší :o))

Myslel jsem to tak, jak to píše Ondřej. Ne namísto 2D vzorců (ty by tam normálně byly jako obrázky), ale spíše jako doplněk k nim, ukázku, jak ta molekula vypadá v prostoru. SMILES by sloužily jen k tomu, že by se předávaly jako parametr apletu. Tzn. byly by někde v databázi, ale ve slovníku by vypsané nebyly.

A ten SMILES formát funguje do více různých programů, i pro generování 2D obrázků molekul? Třeba by se hodilo nějakým způsobem uvádět i to. Také až časem, to dá rozum.

Tomas HLUSKA [ 22.02.2009 17:04:53 ]: Asi to spíš necháme až bude ten applet dokonalejší, respektive najdeme-li jiný. Nebo až se budou programátoři a biochemikové nesmírně nudit :)

Ondřej Zicha [ 22.02.2009 16:42:56 ]: Proto jsem uvedl namátkou jeden SMILES, abych ukázal, že to není nic pěkného (v podstatě tam jsou zapsané všechny ne-H atomy v molekule, takže pro složité molekuly složitost roste), takže si nemyslím, že je dobrý nápad dávat ty SMILES přímo do slovníku. Proti tomu appletu přímo nejsem, ale taky jsem zastáncem spíše názorných 2D vzorců, ale nebráním se tomu

Tomas HLUSKA [ 22.02.2009 16:06:44 ]: Jirka asi navrhuje, že by se třeba časem dal ten applet (nebo nějaký podobný) použít přímo v BioLibu, a že by u těch chemických látek byl uvedený nějaký takovýto textový zápis, který by se třeba v tom appletu zobrazoval přímo na detailu toho slovníku, a uživatel by si s ním mohl libovolně kroutit a tak. Já říkám že proč ne, ale kdovíkdy se k tomu dostanu :) A ty placaté obrázky mi příjdou přecijen přehlednější :]

Tak si ujasněme, co vlastně chceš? Třeba na příkladu antibiotika novobiocinu:
obrázek

jeho SMILES (vygenerované ChemSketchem)
CC(C)CCc1cc(ccc1O)C(=O)N\C3=C(/O)c4ccc(O[C@@H]2O[C@](C)(C)[C@H](OC)[C@@H](OC(N)=O)[C@H]2O)c(C)c4OC3=O
(nic pěknýho, že?:)

a struktura


Co teda chceš dát do slovníku nebo jaká byla Tvoje představa?

Ale to jen dávám ke zvážení, možná je to blbost...

Já měl na mysli to zobrazení molekuly. Když se vytvoří v tom jejich editoru, tak ten vygeneruje jakousi sekvenci znaků, které tam říkají SMILES. A tu potom stránka umí pomocí java apletu zobrazit v 3D podobě. např:

http://www.molinspiration.com/cgi-bin/ga...

Takže jestli by stálo za to je kontaktovat a případně ten jejich aplet umístit na biolib, ať už přímo na server, nebo v podobě odkazu na jejich stránku. Kámen úrazu spočívá v tom, že to bude umět asi jen nějaké jednodušší organ. molekuly a třeba obrázek nějaké bílkoviny z toho nedostanem. Tož zda to stojí za to.

Jiří Novák [ 18.02.2009 20:41:40 ]:

Že bys chtěl mít interaktivní ty vzorce? Je tam někde ukázka, jak to vypadá?
Zas nevim, jestli by do toho pak nemohl jednoduše hrabat každej...

Možná by stálo za to domluvit se s těmihle, ten editor vypadá dost dobře, možná by se v něm daly tvořit ty obrázky molekul.

http://www.molinspiration.com/jme/

Tomas HLUSKA [ 18.02.2009 12:20:54 ]: Nějaký krátký text by měl jít napsat do poznámky ve formuláři editace kategorie, ale vypadá to pak docela divně - ty texty ke kategoriím nejsou moc stavěné na to aby se tam psaly delší pojednání (případně ve více jazycích), spíš jen třeba krátký text a odkaz na heslo které s kategorií souvisí, a všechny texty a názvy v jazycích je lepší napsat k tomu heslu. A k heslu potom mohou být přes související termíny přiřazeny nějaké významné termíny z té oblasti (např. k heslu alkaloidy vyjmenovat nějaké nejvýznamnější alkaloidy) a u kategorie Alkaloidy mít odkaz na heslo alkaloid a u toho hesla třeba naopak nějakou formou odkaz na kategorii.

Tak jsem koukal do toho slovníku a nikde tam ale nevidím možnost přidat text ke kategorii. Třeba tady Výkladový slovník

Tomas HLUSKA [ 15.02.2009 22:24:19 ]:
Paráda, na to se těším. Ty relace s taxony, obrázky,... si nejsem jistý jestli nějak fungují, proberu to s Ondrou a dáme vědět.

Jiří Novák [ 03.10.2006 14:55:53 ]:

Tak bych se konečně po dvou letech rád dostal k tomu, že bych tu vytvořil jakýsi systém sekundárních metabolitů. A využil bych teda možnosti přidávat text k jednotlivým kategoriím, ale chtěl bych se zeptat, jestli by šlo v tom případě propojovat s taxony, obrázky apod. i tyto kategorie ve slovníčku? Zkoušel jsem třeba hledat jednu kategorii a nenašlo ji to, tak jestli by to šlo nějak zařídit?

Já bych ty chemické látky dal pod tu chemii a biochemii. Termíny i kategorie vznikaly postupně a ne vše je zařazené detailně a ledasco by šlo zařadit i do víc různých kategorií. Ale zrovna silice klidně přesuň do chemie.

Ještě jedna věc, na kterou jsem si vzpoměl. Naopak zase třeba karotenoidy jsou v sekci Chemie a biochemie, takže by to chtělo nějak uspořádat. Co navrhujete?