Beskydy představují významný a relativně ucelený lesní komplex karpatské oblasti, což se projevuje i na výjimečnosti beskydské fauny v rámci ČR. Nejedná se pouze o velké šelmy, které se sem šíří z východnějších oblastí Karpat, ale také o velkou skupinu karpatských prvků ze skupiny bezobratlých. Typický je také výskyt lesních druhů živočichů, pro které již okolní krajina mimo CHKO neposkytuje vhodné prostředí pro jejich existenci. Dále se zde vyskytuje mnoho významných druhů obývajících mokřady, oligotrofní horské bystřiny a pozůstatky původních divočících toků (někteří drabčíci a střevlíci). S mnoha druhy se mimo Beskydy v ČR vůbec nesetkáme.
Mokřady, ale i hluboké kaluže na lesních cestách či uměle vytvořené vodní plochy poskytují vhodné podmínky pro život obojživelníků. Pro Beskydy je nejvýznačnější výskyt čolka karpatského (
Triturus montandoni).
Ptáci jsou v CHKO Beskydy zastoupeni velmi početně a patří mezi nejlépe prozkoumané skupiny živočichů. Nápadnou a ochranářsky významnou skupinou jsou dravci, které zde reprezentuje hnízdící jestřáb lesní (
Accipiter gentilis), včelojed lesní (
Pernis apivorus) a ostříž lesní (
Falco subbuteo). V roce 2006 byl zahájen projekt na návrat orla skalního (
Aquila chrysaetos) do Beskyd.
Ze vzácných druhů sov se ve starých porostech vyskytují sýc rousný (
Aegolius funereus) a kulíšek nejmenší (
Glaucidium passerinum). Raritou je výskyt puštíka bělavého (
Strix uralensis). Již jen velmi vzácně se vyskytuje tetřev hlušec (
Tetrao urogallus), který zde má nejsilnější populaci v ČR. Ve starých pralesovitých porostech jsou vhodné podmínky pro hnízdění datla černého (
Dryocopus martius), vzácnější je datlík tříprstý (
Picoides tridactylus), strakapoud bělohřbetý (
Dendrocopos leucotos).
Na horských a podhorských loukách žije chřástal polní (
Crex crex). Beskydy patří k jeho nejvýznamnějším oblastem výskytu. V podhůří se nacházejí vhodné životní podmínky i pro koroptev polní (
Perdix perdix).
Díky přímé návaznosti na další pohoří karpatského oblouku jsou dnes Beskydy domovem vlka (
Canis lupus), rysa ostrovida (
Lynx lynx) i medvěda hnědého (
Ursus arctos). Tyto druhy byly sice na přelomu 19. a 20. století vyhubeny, ale díky jejich ochraně a zvýšení populací na Slovensku se v posledních 30 letech postupně vrátily zpět.
