CZ EN
SEARCH  

Forum board

<< Back to list of forum boards

Taxonomický systém CZ

Managers: Ondřej Zicha

*
*
? * Input this word as number: seven:

* Fields marked with an asterisk are mandatory.

Veřejná místnost pro diskuzi nad funkcemi okolo taxonomického systému v BioLibu. Dotazy týkající se biologie a ne přímo BioLibu samotného pište prosím do diskuzních místností v kategorii Diskuze o biologii.

 

 
Records 1 to 20 of 128  
[1] 2 3 4 5 6 7
Ondřej Zicha   [2012-05-25 18:03:07]
[Reply]
Do políčka pro vědecký název ve formulářích pro přidání nového taxonu či nového vědeckého názvu lze nyní zadat jméno včetně autority, automaticky se po odeslání rozdělí do latinského názvu a autority. Dále u přidání taxonu přibyla záložka "Vědecká synonyma", kde lze uvést další názvy, které se automaticky založí jako synonyma, co řádek to název. Zároveň jsou tyto názvy součástí kontroly na duplicity, takže se už něbude tolik stávat, že někdo založí taxon, pak k němu chce přidat starší název a zjistí, že už se v BioLibu nachází.

Rozdělení se provádí pouze u přidání nového záznamu, ne editaci, a pouze tehdy, pokud je prázdné políčko pro autoritu. U kultivarů se rozdělení neprovádí. Funguje pro potvrzené i nepotvrzené taxony. Pozor ale, že na automatické rozdělování není úplný spoleh - autorita se oddělí v místě, kde je detekována závorka nebo velké písmeno, případně nějaká z předpon von, de či d' atd., ale pro některé nerozpoznané předpony jména fungovat nemusí...
Tomas HLUSKA   [2011-10-10 15:16:00]
[Reply]
Ondřej Zicha [ 22.09.2011 18:57:37 ]: aha, tak to asi nic. já to většinou mám tak po jednom, dvou druzích, tak to asi nemá až tak smysl.
Ondřej Zicha   [2011-09-22 18:57:37]
[Reply]
Tomas HLUSKA [ 22.09.2011 15:09:51 ]: Zatím mohou jen správci, ale těžko říct jestli by to mělo být jinak, zrovna výskyt je taková dost špatně ověřitelná věc, to by se muselo přidávat i s citací zdroje a tak.

Každopádně co ale jde je vytvořit seznam druhů určité země formou třeba Excelové tabulky (nebo i jen textového souboru), ideálně podle jednoho zdroje, aby se to mohlo doplnit i s citací, a já to následně importuju. V podstatě stačí jen seznam latinských názvů, ale lze uvádět i nějaké indikátory že je druh na území vymřelý, sporný atd.

Pokud by to vyhovovalo zpracovávat takovouhle formou, můžeme se dohodnout přesněji.
Tomas HLUSKA   [2011-09-22 15:09:51]
[Reply]
Zdravím po delší době :o)
Dají se nějak přidávat organismy do check-listů?
Jiří Novák   [2011-04-20 10:15:27]
[Reply]
Martin Chytrý [ 19.04.2011 21:10:07 ]: Díky, opraveno. Pravděpodobně selhal lidský faktor. Na jakékoli podobné nesrovnalosti upozorněte prosím zde, nebo u příslušných taxonů.
Martin Chytrý   [2011-04-19 21:10:07]
[Reply]
Dobrý den,
chtěl bych se zeptat jak může být u taxonu Ameiurus nebulosus uveden jako další název sumeček černý, když jde o samostatný druh Ameiurus melas?
Ondřej Zicha   [2011-02-20 19:13:51]
[Reply]
Tomas HLUSKA [ 20.02.2011 18:21:22 ]: Problém je, že ty taxony se stejně musí z databáze načítat, protože jinak to nepůjde správně zobrazit. A když je schovávám až po načtení z databáze, tak to zase úplně rozhodí stránkování, nemůžu odhadnout na kolik stránek se strom zobrazí, případně od kterého taxonu začít, když jsem třeba na třetí stránce. Musel by se vždy celý strom při zobrazení zrekonstruovat (a ne jen jeho část) a to by bylo paměťově náročné.
Tomas HLUSKA   [2011-02-20 18:21:22]
[Reply]
já s ničím takovým nemám zkušenost, tak samozřejmě nemám až takovou představu, ale myslím, že by to snad nemuselo být až tak složité. Jen by šlo o to, danou úroveň schovat a jednotlivé taxony dát jakoby k nadřazenému taxonu, ne?
Ondřej Zicha   [2011-02-19 17:16:57]
[Reply]
Tomas HLUSKA [ 09.02.2011 13:59:48 ]: To by bylo bohužel dost složité, ty nad- a pod- čeledi a triby atd. nesou informaci o hierarchii a musí se načítat, aby se strom zobrazil správně. Pokud by se strom postavil a pak se z něj "vypouštěly" určité taxony, zase by se velice špatně pracovalo se stránkováním (dopředu nevím kolik toho kde vypustím) a bylo by to asi i relativně paměťově náročné. Zatím asi takovou úpravu nebude možné udělat.
Tomas HLUSKA   [2011-02-09 13:59:48]
[Reply]
pokud si někdo dá zobrazit strom u vybraného taxonu, zobrazí se mu všechny taxony až po nejnižší vybrané. Nešlo by to radši udělat tak, by se zobrazovaly jen vybrané úrovně taxonů?
Mně třeba nějaký tribus nebo různé nad/podčeledi apod. moc nezajímá, tak by bylo pro mne lepší tuto informaci odfiltrovat a nechat si zobrazit jen vybrané taxony jako např. řád/čeleď/rod/druh
Milan Kořínek   [2010-05-09 21:43:10]
[Reply]
Ondřej Zicha [ 08.05.2010 17:50:20 ]:

Totéž by možná bylo vhodné u plemen domácích zvířat, sjednotit názvosloví i zápis.
Ondřej Zicha   [2010-05-08 17:50:20]
[Reply]
Snažil jsem se sjednotit názvy kultivarů rostlin v BioLibu. Název kultivaru se zapisuje do jednoduchých uvozovek, např. Cucurbita pepo 'Kamo Kamo'. Znak ` by se měl nyní ve formulářích v latinských názvech automaticky konvertovat na '.

Ve funkci Speciální seznamy taxonů přibyla funkce "Názvy - podezřelé názvy kultivarů", čas od času pomocí ní překontroluju názvy kultivarů.

Dále drobné vylepšení aby bylo možné kultivary zakládat i pomocí hromadného založení - doteď to nešlo, protože algoritmus považoval první výskyt velkého písmene za začátek autority. Nyní je možné do názvu vepsat znak | na místo, kde se má název rozdělit, algoritmus pro rozdělování toto místo upřednostní před normálním dělením. Takže pokud hromadně přidám
Cucurbita pepo 'Kamo Kamo'|
Cucurbita pepo 'Goldena'|
mělo by se to založit správně. Ale ne že teď všichni začnete zakládat kultivary jako díví. Vzhledem k jejich množství a nejednoznačnosti názvů zakládáme kultivary spíše jen tehdy, pokud k nim jsou obrázky či texty, nebo je jejich existence podložená nějakým serioznějším zdrojem.
Jindřich Poříz   [2010-01-06 23:32:08]
[Reply]
Ondřej Zicha [ 06.01.2010 23:19:06 ]: Díky,nebudu je tedy označovat nijak,popřípadě uvedu v textu taxonomie,že dotyčné taxony jsou uznávány jinými autory.
Ondřej Zicha   [2010-01-06 23:19:06]
[Reply]
Jindřich Poříz [ 06.01.2010 22:12:54 ]: Jestli jde o ten systém podle Clementse, já myslím že ty ssp. není potřeba označovat nijak - označí se tím, že k těm ostatním importuju citace Clementse, a tam kde citace nebude, bude jasné že je Clements neuznává nebo vede jako synonymum k jinému ssp či sp a tyto taxony bez citací se časem vyřeší. Vy je teď označujete jako "nomen dubium"? To asi není úplně správně, možná by bylo vhodnější označovat je jako "podezřelý taxon", to sice uživatelé neuvidí, ale ono to že poddruh chybí v tom elektronickém Clementsovi ještě neznamená, že se jedná o neplatný poddruh, řekl bych - záleží na tom jak moc je ten Clements kompletní a spolehlivý. Každopádně až znovu importuju ty citace, tak bude jasně vidět co v Clementsovi je a co ne, a to jako označení stačí.

To "partim" se používá pro případy (snad teď moc nebudu mlžit) kdy se třeba popíše druh a časem se ukáže že ten popis a typové exempláře zahrnovaly více druhů. Častěji se ale partim používá u vyšších taxonů, kdy se třeba nějaká skupina zrušena a rozpadne se na několik částí, protože předtím sdružovala vývojově nepříbuzné druhy.
Jindřich Poříz   [2010-01-06 22:12:54]
[Reply]
Ondřej Zicha [ 05.01.2010 21:34:35 ]: Možná jsem to jenom nepochopil a proto se raději zeptám.Jak mám v seznamu podřízených taxonů označit ssp.,která není uznávána v systému podle kterého se řídím,ale je(nebo byla)uznávána jinými autory(popř.stejným autorem ve starším systému).Začal jsem je označovat jako neplatný taxon,po přečtení posledních příspěvků si myslím,že by měl být označen jako partim(snad).
Ondřej Zicha   [2010-01-05 21:34:35]
[Reply]
No a teď bych potřeboval aby to někdo prozkoumal a řekl jestli

a) to dává smysl a ta zoologická verze s tou botanickou na sebe jakž takž sedí
b) tam něco důležitého nechybí
c) tam něco zbytečného nepřebývá
Ondřej Zicha   [2010-01-05 21:33:17]
[Reply]
Takže po delší diskuzi s Vaškem Dvořákem mám následující (nikoliv nutně správnou) představu.

Abych trochu ujasnil terminologii. V BioLibu jsou taxony, které mají svoje unikátní číslo a svůj profil (stránku), a k tomuto taxonu jsou přiřazené vědecké názvy. Na taxon se lze odkazovat, na název ne. Název je vždy vázán k nějakému taxonu. Každý taxon má právě jeden platný vědecký název.

Typy taxonů

Taxon samotný může být buď normálně neoznačený, "normální", nebo může mít jeden ze tří dalších stavů - podezřelý taxon, nomen dubium (sporný taxon), nomen inquirendum (taxon v šetření).
- podezřelý taxon je označení jen pro správce, ostatní uživatelé ho vidí jako normální taxon. Dá se to použít pro taxony, kde správce není schopen najít nějaký spolehlivý zdroj podle kterého by ověřil status tohoto taxonu, tj. zda je to platný rod, druh atd., a má podezření, že není (např. chybí v nějakém zdánlivě spolehlivém katalogu druhů světa)
- nomen dubium je taxon, jehož platnost je "oficiálně" sporná a nelze ji nějak jednoduše ověřit, např. proto, že se ztratil typový materiál. Nomen dubium není k ničemu synonymum, ale ani to není tak úplně platný taxon. Takto označené taxony v systému jsou vidět, zobrazuje se u nich písmenko "D" a vysvětlivka.
- nomen inquirendum je podobné jako nomen dubium, s rozdílem že "platnost taxonu je nutné přezkoumat", např. novou analýzou typových exemplářů, ale zatím se k tomu žádný vědec nedostal. Taktéž se zobrazuje s písmenkem a vysvětlivkou.

Nomen dubium a nomen inquirendum je možné nastavit jak pro živočichy tak pro rostliny/houby/bakterie, ačkoliv se to používá asi hlavně v té zoologii. Pokud je nějaký taxon "hodně sporný" a zbytečně by se v systému pletl, je navíc možné ho "vyjmout ze systému", čímž pádem se nezobrazuje v seznamech taxonů, ale lze ho vyhledat, zapojuje se do kontroly duplicit při přidávání nového taxonu atp.

Typy vědeckých názvů

Nyní může být vědecký název buď platný, nebo některý z výběru "synonym" shodných pro zoologické i botanické názvosloví.

Plánuji to ale předělat tak, že platný název nebude jako typ názvu, ale bude to indikátor mimo ten seznam typů (stále samozřejmě platí že platný název bude vždy jen jeden). Stejně tak bude zvláštní indikátor "Původní název" (v botanice basionym). Tudíž může být platný název taxonu zároveň původní a zároveň třeba "nomen conservandum" (zachované jméno).

Z těch ostatních typů bych si to představoval přibližně takto (ty názvy ve výběrech se budou lišit, tohle je jen nástřel). V tabulce je varianta která se bude zobrazovat u živočichů, varianta pro rostliny, houby a bakterie a ve třetím sloupci je příznak zda může být název tohoto typu platný. Pokud je sloupec pro živočichy prázdný, znamená to že se bude používat pouze pro botanické názvosloví, a vice versa.

ŽivočichovéRostliny,houby,bakterieMůže být platný název
NeupřesněnoNeupřesněnoano
SynonymumSynonymum - kombinaceano
Conserved namenom. cons. = nomen conservandumano
Replacement namenom. subst. = nomen substitutumano
Mladší synonymumMladší synonymumne
Nomen oblitumnom. rej. = nomen rejiciendumne
Nejisté synonymumnom. ambig. = nomen ambiguumne
Misspelling = lapsus calamiMisspelling = orth. var.ne
Mladší homonymumMladší homonymumne
nom. illeg. = nomen illegitimumne
nom. illeg. superfl. = nomen illegitimum superfluumne
nom. superfl. = nomen superfluumne
Unnecessary emendationne
nom. inval. = nomen invalidumne
Nomen nudumNomen nudumne
incl.incl.ne
partim.partim.ne

Neupřesněno - blíže neupřesněný typ názvu, defaultně všechno (tj platné názvy i neupřesněná synonyma)

Synonymum - kombinace - všechna synonyma, která nejsou žádného z následujících typů

Conserved name / nomen conservandum - zachovaný název, název který něčím odporuje kódu zoologické či botanické nomenklatury, ale byl zachován, aby nezpůsobil zmatky (třeba že se používá už dlouho, nebo že je ten starší název "divný"...)

Replacement name / nomen substitutum - náhradní název pro taxon, u něhož se zjistilo že s původním názvem je nějaký problém (např. je to mladší homonymum jiného názvu)

Mladší synonymum (junior synonym) - mladší název pro nějaký stejný taxon / druh.

Nomen oblitum / nomen rejiciendum - zapomenuté, odmítnuté jméno je jméno, které by podle pravidel mělo mít přednost, ale místo toho je odmítnuto ve prospěch konzervovaného názvu

Nejisté synonymum / nomen ambiguum - není úplně jisté, zda se tento název opravdu týká druhu, ke kterému je veden jako synonymum, tj. jedná se pouze o dohady, zobrazuje se s otazníkem u =

Misspelling - chybný zápis, jiná ortografická varianta, nevím zda to nějak dále nerozdělit

Mladší homonymum - homonymum (stejný název) k jinému, staršímu vědeckému názvu

Nomen illegitimum - neoprávněné jméno, validně popsaném, ale nerespuktující některá pravidla mezinárodního kódu, pouze botanika

Nomen superfluum - nadbytečné jméno - pokud zahrnuje typ jiného jména, které by mělo být používáno legitimně - klasický problém botanické názvy vs. zemědělské

Nomen illegitimum superfluum - viz předchozí

Unnecessary emendation - zbytečná oprava názvu (zbytečné replacement name), která není uznávána

Nomen invalidum - neplatně uveřejněné jméno

Nomen nudum - neplatně popsaný taxon, např. chybí typový exemplář nebo nejsou splněny jiné podmínky pro správný popis nového taxonu. Nomen nudum může být buď název přiřazený k určitému taxonu (např. pokud byl podle stejného typového exempláře později správně popsán nový druh) nebo mohou být samostatné nepřiřaditelné názvy - v takovém případě by se měly přidávat k nejbližšímu vyššímu taxonu, i když je to třeba nomen nudum jako druhový název, tak se přidá k rodu.

incl. - "obsahující", hlavně pro taxonomické kategori vyšší než druh, tj. rody, čeledi, atd., slouží pro označení, že v systému použitém v BioLibu je určitá skupina vedena jako součást jiné

partim. - označuje, že taxon byl rozdělen do více skupin / druhů, a nový taxon reprezentuje pouze část původní skupiny / druhu (tj. partim. synonymum může být u více taxonů dříve tvořících skupinu před jejím rozdělením)


Nijak jsem nevyužil "nomen novum" a asi zruším "chybné určení / misidentification".
Václav Dvořák   [2010-01-05 11:30:16]
[Reply]
No, vypsal jsem jich tolik spíše kvůli slovníku pojmů, než by museli být přímo v systému, je to přeci jen poměrně složitá záležitost...

nomen substitutum je nové, náhradní jméno publikované místo neplatného jména (také to zrovna nepatří mezi často používané)

třeba osobně mne v nabídce chybí hlavně nom. inval., které se u synonym uvádí docela často a s tím by zřejmě neměl být takový problém.

Synonymum-původní název jsem tedy po celou dobu chápal jako basionym a přiznám se, že vůbec netuším, co je protonym :)
Ondřej Zicha   [2010-01-04 23:35:11]
[Reply]
Pane jo těch je :)

Mám trochu problém s jednou věcí. V BioLibu je vědecký název buď platný, a nebo některý z těch dalších typů. To ale znemožňuje použít např. "nom. subst.", "nom. nov." (jak se vlastně liší tyhle dvě?), "nom. cons." a asi i "nom. prov." pro název, který je v BioLibu označený jako platný. To by znamenalo, že by se to muselo předělat tak, aby indikátor zda je jméno platné nebo neplatné byl nezávislý na tom typu jména a nějak se hlídalo aby platný název mohl být jen z určité množiny těch typů názvů.

Takže bude potřeba dát dohromady které všechny typy z těch vyjmenovaných mohou sloužit jako platný název.

Dále bude potřeba s někým kdo se vyzná i v zoologickém názvosloví dát dohromady které všechny z těchto typů mají svoje obdoby v zoologii. Určitě nomen dubium, nomen nudum, nomen conservandum/rejiciendum...

A v neposlední řadě bude potřeba rozmyslet co s těma typama co jsou definované teď, zda-li některé z nich nezrušit či nepřejmenovat nebo neřešit jinak. Třeba bych řekl, že typ "Synonymum - původní název" je blbost, a spíš by to měl být jako nějaký indikátor úplně vedle, že se jedná o basionym/původní název nebo tak něco. Ale v té botanice moc nechápu jak je ten basionym definovaný a jak se liší od protonymu třeba.
Václav Dvořák   [2010-01-04 20:28:19]
[Reply]
Ondřej Zicha [ 04.01.2010 17:24:19 ]: Tak jsem se pokusil něco sepsat

nom. ambig. = nomen ambiguum (významem nejasné jméno - různí autoři popsali různé taxony)
nom. cons. = nomen conservandum (jméno chráněné, kdy se vědomě porušují
pravidla nomenklatorického kódu pro zachování stability nomenklatury, seznam vedený v Mezinárodním nomenklatorickém kódu)
nom. dub. = noemn dubium (neoprávněné jméno odvozené z neúplného nebo zavádějícího popisu)
nom. illeg. = nomen illegitimum (neoprávněné jméno, validně popsaném, ale nerespuktující některá pravidla mezinárodního kódu)
nom. illeg. superfl. = nomen illegitimum superfluum (neoprávněné a nadbytečné jméno)
nom. inval. = nomen invalidum, nomen invalide publicatum (neplatně uveřejněné jméno)
nom. nud. = nomen nudum (jméno bez diagnózy nebo popisu)
nom. nov. = nomen novum (nové jméno, uveřejněné jako náhrada starého)
nom. prov. = nomen provisorium (dočasné jméno)
nom. rej. = nomen rejiciendum (zamítnuté jméno)
nom. subst. = nomen substitutum (nahrazené jméno)
nom. superfl. = nomen superfluum (nadbytečné jméno - pokud zahrnuje typ jiného jména, které by mělo být používáno legitimně - klasický problém botanické názvy vs. zemědělské)
 
Records 1 to 20 of 128  
[1] 2 3 4 5 6 7