Původ trpasličího slona na Borneu má dvě hypotézy a jeho kořeny jsou stále trochu záhadou. Jedna hypotéza tvrdí, že jde o dovezené slony, kdy v 17. století Britská východní společnost věnovala filipínskému sultánovi Sulu jako dar slony indické, tedy pocházející z Jávy (zde však sloni vyhynuli krátce po příchodu Evropanů z jihovýchodní Asie), Sumatry či poloostrovní Malajsie, a ten je pak na Borneo úmyslně vysadil. Druhá teorie tvrdí, že sloni přešli přes bažinatý pevninský most ze Sumatry na Borneo v době, kdy byly sundské ostrovy ještě jednou pevninou, což bylo v době pleistocénu, tedy před 300 000 lety. K dohledání kořenů slona bornejského bylo zapotřebí podrobit slony genetickým analýzám. Genetické testování DNA proběhlo v r. 2003, kdy vědecký tým z Columbia University a Světový fond na ochranu přírody (WWF) svým výzkumem zjistili genetické odlišnosti bornejských slonů vůči slonům sumaterským či pevninským asijským. Výzkum se prováděl ve spolupráci s organizací Rhino SOS a spočíval v DNA testování střevních buněk, jenž byly získávány ze vzorků trusu divokých slonů v různých částech Sabahu, a vzorků krve slonů žijících v zajetí. Vzorky se následně porovnávali s DNA slonů ze Srí Lanky, Indie, Bhútánu, Bangladéši, Thajsku, Laosu, Vietnamu, Kambodži, Malajsie a Sumatry. Badatelský tým (Fernando et al. 2003) došel k závěru, že sloni žijící na ostrově Borneo, a to jak v malajské tak indonéské části (Kalimantan), jsou sloni pocházející z Bornea, jenž prošli nezávislou evolucí. Jsou to tedy geneticky odlišné poddruhy asijského slona. Mitochondriální a mikrosatelitní analýza ukázala, že bornejští sloni byli od svých asijských bratranců na ostrově izolováni asi před 300 000 lety a liší se od nich v mnohém. Genetické odlišnosti a evoluční historie slonů na Borneu by měla podpořit myšlenku jejich uznání jako jedinečného druhu. Zatím byl tento druh Elaphas maximus borneensis zahrnut do poddruhu Elaphas maximus indicus nebo Elaphas maximus sumatrensis kvůli nedostatku originálního popisu z hlediska morfologických znaků. Konečná klasifikace se bude nadále odvíjet od budoucích morfometrických a genetických studií.

Jediným fosilním důkazem o přítomnosti pravěkých slonů na Borneu je nález sloního zubu z jeskyně v Bruneji (Hooijer 1972).

Slon indický bornejský žije převážně v nížinných džunglích a kopcovitých údolích pod 300 m. Stádo, vedené v matriarchálním duchu vůdčí samicí, čítá kolem 8-17 jedinců. Tvoří ho většinou sloní matky, jejich dcery, sestry a nedospělí samci. Někdy se ve stádě nachází i dospělý samec, většinou ale žijí osaměle v džunglích. Byla však pozorována též malá stáda samců. Kontakt s rodinnými skupinami je pro ně důležitý jak pro udržení genetické rozmanitosti tak pro jejich vývoj a přežití. Ve volné přírodě se trpasličí slon dožívá 60. let, v zajetí pak více než 80. let. Slonice mívá za život kolem 7 telat. Mláďata rodí přibližně každých 4-6 let pokud jsou podmínky příznivé. V podmínkách pro přežití nepříznivých, např. během sucha, je pak rozestup mezi porody větší. Období březosti trvá 19-22 měsíců, tedy téměř dva roky, sloní mláďata jsou pak kojena po dobu 3-4 let. Sloni spořádají denně až 150 kg vegetace v podobě různých druhů palem, travin, ovoce a divokých banánů. Nezbytné jsou pro ně též minerály, které získávají ze solných lizů v blízkosti lesních bahenních sopek.

Většina této jedinečné sloní populace, čítající asi 1500 jedinců, se nachází v malajském státě Sabah na severu Bornea, především v jeho jižní a východní části, a dále pak v severovýchodním cípu indonéského Kalimantanu. Rozsah těchto biotopů se však poměrně rychle mění díky těžbě dřeva, rozšiřujícímu se zemědělství a pěstování exotického dřeva, kaučuku, kakaa a palmy olejné na rozsáhlých plantážích. Rozšiřování plantáží a snižující se stav lesů vede ke změnám migračních tras slonů a důsledkem jsou pak přirozeně častější konflikty těchto malých chobotnatců s člověkem.

Asijští sloni, žijící na ostrově Borneo, jsou vzhledem ke své malé velikosti a relativně velkým uším přezdíváni „trpasličí“. Samci dorůstají do výšky maximálně 2,5 m a váží 3000 kg. Sloni bornejští mají jeden pár žeber navíc než jejich asijští bratranci. Jejich tvář má dětinský vzhled a je oblého tvaru, barva kůže je světle šedá až hnědá. Ocas mají okrouhlý a dlouhý, dosahuje až na zem, kly samců jsou krátké a téměř rovné, samice mají kly malé nebo žádné.

Sloni jsou na Borneu ohroženi především činností člověka který ničí přirozené prostředí, omezuje jejich potravní zdroje a narušuje přirozené migrační cesty. Jejich počet se odhaduje asi na 1000-1500 kusů.

Světový fond na ochranu přírody (WWF) ve spolupráci s místními lesnickými projekty na ochranu divoké zvěře pracují na zřízení vhodných útočišť a rezervací pro bornejské slony, kteří patří ke kriticky ohroženým druhům a jejichž ochrana ve volné přírodě se stala vysoce prioritní. Borneo je jedinou zemí na světě, která poskytuje přirozený domov těmto malým obrům.

Tito sloni jsou nejmenší ze všech asijských slonů, mají relativně větší uši, delší ocas a rovné kly. Existuje několik teorií o jejich původu. Nejpravděpodobnější hovoří o kolonizaci Bornea asi před 300 000 lety přes pevninský most, který zmizel po poslední době ledové. Tu potvrzují i genetické studie, které naznačují pleistocéní kolonizaci ostrova a následnou izolaci a samostatný vývoj místních populací slonů. Další teorie tvrdí, že tito sloni sem byli dovezeni v průběhu 16.-19. století a postupně zdivočeli. Je možné, že to jsou potomci vysazených jávských slonů, kteří jsou dnes již na Jávě vyhubeni, ale zde mohou jejich potomci i nadále přežívat.

Bornejští sloni jsou povahy mírné a dobrácké, agresivitou se, na rozdíl od svých afrických a asijských příbuzných, nevyznačují. Napadení člověka je u tohoto druhu slona velmi vzácné a bylo zaznamenáno jenom jednou, v prosinci r. 2011 v pralesní lokalitě Tabin (poloostrov Dent, Východní Borneo). Na lesní stezce, poblíž bahenní sopky se solným lizem, došlo k náhodnému setkání strážce lesa a dvou návštěvníků se sloním samcem. Slon znepokojen bleskem z fotoaparátu a přílišné blízkosti návštěvnice na člověka zaútočil. Žena jeho útok nepřežila, sloní kel se stal nástrojem smrtícím.