Vyskytoval se v lesním pásmu téměř celé Eurasie, avšak už před koncem 19. století byl v Evropě na většině míst vyhuben. Původní populace se zachovaly jen při ústí Rhôny, na středním Labi v SRN, v jižním Norsku, Bělorusku a na několika místech Ruska (dolní tok Dněpru a Donu). Později byl úspěšně vysazen např. v severovýchodním Polsku a Německu (mimo jiné při Dunaji v okolí Regensburgu, Norimberka a na německo-rakouském pomezí na dolním toku řek Salzach a Inn), jakož i v Rakousku v okolí Vídně.
Také u nás nebyl bobr ještě počátkem středověku nijak vzácný a vyskytoval se podél většiny řek v nižších a středních polohách. Záznamy o posledních úlovcích pocházejí z poloviny 17. století. Nejdéle se původní bobři udrželi v jižních Čechách (do poloviny 18. století na Třeboňsku), na Moravě došlo k jejich vyhubení o něco dříve (v r. 1730 u Grygova). V r. 1773 byl v Červeném Dvoře u Českého Krumlova založen umělý chov (tzv. bobrovny), odkud byli bobři vypouštěni na Třeboňsku i do volné přírody (1804-1809). Rychle se rozmnožili a znovu osídlili rozsáhlé území mezi Táborem, Bechyní, Jindřichovým Hradcem a Novými Hrady. Po proudu řek se ojediněle dostávali i více na sever, např. při povodni v r. 1830 byli pozorováni i v Praze. Pro velké škody na břehových porostech však bylo r. 1833 vydáno nařízení o jejich lovu – poslední český bobr byl poté ve volné přírodě uloven v r. 1876 u Hamru na Nežárce a o 6 let později zanikl i umělý chov (1882). Nová etapa výskytu bobrů u nás začala koncem 60. let 20. století, kdy se objevili – zpočátku nárazově a později stále častěji – jedinci migrující ze sousedních zemí. Postupně a s přispěním více než 20 zvířat vysazených v CHKO
Litovelské Pomoraví (1991-1992, 1996) a Oderských vrších (1996-1997) bobři osídlili stále větší část území. Nyní už vytvářejí několik větších stálých populací na dolním toku Labe na Děčínsku, v jihozápadních a severovýchodních Čechách, ve Slezsku a podél Moravy od soutoku s Moravskou Sázavou po soutok s Dyjí (včetně některých přítoků) a dále se dynamicky šíří. Současný odhad početnosti okolo 300-350 jedinců (zřejmě podceňuje skutečný stav), v nejbližších letech bude počet bobrů ještě narůstat. Bobr kanadský (
C. canadensis), vysazený v v letech 1978-1980 na Dunaji v Rakousku, na našem území zjištěn nebyl.
Na Biolibu probíhá mapování tohoto druhu v České republice a pokud jste se s ním v přírodě setkali, rádi zaznamenáme Vaše hlášení do centrální faunistické databáze savců ČR.