Některé funkce v BioLibu je možné omezit na skupinu taxonů, např. jen na rostliny, nebo jen na hmyz atp.

Filtrování podle taxonu se vztahuje na funkce "rejstřík", "slovník národních názvů", "checklisty", "vyhledávání" a "změny".

BioLib přitom rozlišuje dva druhy filtrů - globální a lokální. Lokální filtr lze zvolit přímo v nastavení jednotlivých funkcí (většinou ve spodní části stránky), nebo je nastaven pokud se do funkce dostanete např. odkazem z taxonomického rozcestníku.

Globální filtr lze vybrat ve funkci "nastavení" z levého menu, nebo opět odkazem z rozcestníku. Tento filtr se neztratí po opuštění filtrované funkce jako se to děje u lokálního filtru. Filtr se automaticky aplikuje ve všech funkcích které jdou filtrovat lokálně. V levém menu potom přibude položka Filtr na taxon, kde lze filtr pozastavit či úplně zrušit.

Ke zrušení globálního filtru může také dojít pokud zvolíme lokální filtr z rozcestníku nebo ze seznamu speciálních (hotových) checklistů.

Pokud je nějaká funkce omezená globálním či lokálním filtrem na skupinu taxonů, objeví se o tom na začátku stránky informace s odkazem na taxon, takže uživatel ví, zda prohlíží data kompletní či omezená. Pokud je filtr lokální, objeví se vedle informace i odkaz kterým je možné lokální filtr odstranit.